对菌落进行分析是农业、食品、医药卫生分析等很多行业中很重要的一项工作。目前,国内通常采用国家标准检验法--普通营养琼脂倾注平皿法进行菌落接种计数。由于试验样品量往往很大,使用该方法工序繁杂、耗时长、效率低,另一方面采用传统的人工观察计数具有一定的主观性,误差大,重现性差,所以亟需改进。应用具有快速计算能力的计算机技术和现代图像处理技术对菌落图像进行分析计数，既可以减少主观干扰，提高识别精度，又可以减轻人力繁重的劳动负担，提高工作效率。 目前，已经有一些菌落自动分析系统面市，但是多为国外进口且价格不菲，另外在分析准确性方面也有一些缺陷，这在很大程度上阻碍了这种技术的普及。因此需要进行这方面的研究，使它实现国产化和普及化。本文通过VC++进行软件开发，利用数字图像处理技术对菌落的自动分析系统进行研究。主要完成了以下工作： （1）基于TWAIN 实现了菌落图像的实时采集，这种方式方便快捷，适用性高，它适用于摄像头、扫描仪、数码相机等TWAIN 设备的图像采集。 （2）通过霍夫变换的方法实现了培养皿边缘的去除，提出了一种改进的椭圆霍夫变换，该方法能很好地抑制噪声和干扰的影响。 （3）针对照明光源不均匀对菌落图像计数的影响，研究了基于链码理论克服这一影响的方法，实现了对菌落图像轮廓凹陷部分的修补，并对菌落图像中的孔洞进行了填充。 （4）分别采用链码差理论和分水岭变换的方式对粘连菌落的分割进行了研究，并对这两种分割方法进行了比较。 该系统能较准确实现菌落计数，并能有效提取周长、面积、偏心率、形状因子和圆形度等特征参数，为后续分析提供帮助。