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本试验选取3个马匹品种（柯尔克孜马、俄罗斯速步马、纯血马），对其11个微卫星DNA座位AHT4、ASB2、HMS3、HMS7、HTG4、LEX3、LEX074、UM002、UM011、UMNE191、VHL20进行多态性分析，利用spass分析软件，对3个马品种进行初步鉴别。以柯尔克孜马、俄罗斯速步马、纯血马为实验对象，分别采集血样10ml，枸橼酸钠抗凝，实验室中对所选取的11个微卫星DNA座位进行非变性丙烯酰胺电泳（PAGE）检测，用Popgene32分析数据。比较品种间有效等位基因数（Ne）、基因杂合度（He）及多态信息含量（PIC）数值差异，辅以各品种的特有的基因型条带对三个马品种进行群体遗传分析。11个微卫星标记中筛选出的部分标记，其有效等位基因数（Ne）、基因杂合度（He）及多态信息含量（PIC）数值在3个马品种间存在显著差异或极显著差异，成为初步鉴别三个马品种的重要依据；对11个微卫星标记进行非变性丙烯酰胺电泳（PAGE）检测，发现ASB2微卫星标记的基因型中，柯尔克孜马所特有基因型为CC、CD、EG、EH基因型，纯血马所特有的基因型为BI、JJ、KK基因型；VHL20微卫星标记的等位基因型中，俄罗斯速步马所特有的基因型为CC、CI基因型；AHT4微卫星标记的等位基因型中，柯尔克孜马所特有的基因型为DF、EF、GG基因型，纯血马所特有的基因型为BC基因型；HMS3微卫星标记的等位基因型中，纯血马所特有的基因型为CC基因型；HMS7微卫星标记的等位基因型中，纯血马所特有的基因型为AA基因型；HTG4微卫星标记的等位基因型中，俄罗斯速步马所特有的基因型为BC、BD基因型；UM002微卫星标记的等位基因型中，纯血马所特有的基因型为AA基因型；UM011微卫星标记的等位基因型中，俄罗斯速步马所特有的基因型为AG基因型；LEX074微卫星标记的等位基因型中，纯血马所特有的基因型为CG基因型。品种间相同微卫星标记的基因型、等位基因频数也存在极显著差异（P＜0.01），成为群体遗传分析的另一重要依据。发现3个马品种的鉴别可以通过筛选出的微卫星位点的有效等位基因数（Ne），以及所选微卫星标记的等位基因、基因型频数分布，辅以各品种特异的基因型电泳条带，从而达到群体遗传分析的目的。