北大、清华两大科技园同为中国具有代表性的高校自主创新科技实验区，在成立时间、初创规模、运行体制机制及相关扶持政策等诸多方面基本一致的情况之下，如今却形成了两条截然不同的发展路径，并在绩效水平上形成了巨大的差异。事实上，二者在某种意义上也是我国现阶段高新技术园区两大发展类型的代表，并在一定程度上还会对未来我国高新技术产业园区的建设与发展起到风向标的作用。现有对高校科技园绩效差异的研究往往只注重宏观统计数据上的差异，而较少重视更深的经济层次上相关变量的肇因分析，进而从产权制度建设的角度来考察我国高校科技园绩效的失衡问题。研究认为，北大科技园相对于清华科技园绩效差异的本质在于行政型科技园与市场型科技园内在属性的不同，在于所选择的产权所有制的不同。本文试图用微观经济学的相关方法与理论来分析北大、清华科技园的绩效水平差异问题，除了五大具体原因外，交易成本、运营效率、研发效率以及分配的公正度，是影响两大科技园绩效与发展速度的重要的内在变量。同时指出，这四大变量分别对应马克思主义政治经济学的交换、生产、消费与分配四个主要环节，而这四大环节又都紧扣一个核心问题--产权问题。指出高校科技园产权问题解决方式的不同，是造成在绩效水平上行政型科技园落后于市场型科技园的核心原因。本文引入平衡积分卡(BSC)绩效综合评价模型并作相应改进后，对两大科技园的绩效进行了初步统计；进而对两大高校科技园绩效差异展开分析；最后，通过对普遍意义上我国高校科技园绩效失衡的根本原因做出总结，并提出相应的改进措施与建议。