线粒体功能依赖于线粒体和核基因组间的相互作用。这种相互作用在自然选择压力下,促使线粒体与核DNA发生共进化,从而在不同隔离类群或物种中形成共适应的线粒体-核基因型。但当之前隔离类群或物种第二次接触时,它们间发生线粒体DNA渐渗,导致发生渐渗的个体拥有线粒体与核基因不匹配的基因型。以往在多个模式生物（如小鼠和果蝇）中的研究表明,破坏线粒体与核基因间相互作用（线粒体与核基因不匹配）可影响核基因的表达。然而,很少有这样的研究在自然渐渗种群中进行。本论文将以中菊头蝠（Rhinolophus affinis）自然渐渗种群为系统,采集来自喜马拉雅亚种的一个种群,该种群包括线粒体与核基因匹配和不匹配基因型个体。每个个体获得了6个组织的转录组数据,以此来探讨线粒体与核基因组不匹配对核基因表达的影响。首先,我们对所有喜马拉雅亚种个体,从线粒体基因组和核基因组两个方面,进行了主成分分析和遗传差异(FST)分析,结果表明,本研究中采集到的10个喜马拉雅亚种个体,它们存在几乎相同的核基因遗传背景,但其中5个个体的线粒体基因组来自东南亚种。该种群可分为两组:线粒体与核基因匹配组和不匹配。这两组个体间在线粒体编码蛋白基因中存在14个氨基酸突变。其次,我们对所有六个组织在线粒体与核基因匹配和不匹配组间进行了差异表达分析,结果表明:（1）线粒体与核基因不匹配对核基因表达存在显著影响,并且具有组织特异性。所有组织中总共发现了60个差异表达基因。具体而言,肌肉中发现的差异表达基因最多,为43个,其余组织发现的差异表达基因数目都在10个以下（心脏组织2个、脑组织2个、肝脏组织7个,耳蜗组织3个、肠组织3个）。另外,各组织间没有发现重叠的差异表达基因。（2）在线粒体与核基因不匹配个体中上调表达的基因中,我们发现了多个应对氧化损伤的基因。如肌肉组织中的DNASE1L3、GPx3和HSPB6,心脏组织中的ISG15和IFI6,脑组织中的CYP26A1,肠组织中的CA3和NMRAL1。最后,对肌肉组织鉴定的43个差异表达基因进行功能富集分析,结果表明:大部分差异表达基因与免疫调节有关,包括细胞杀伤、细胞因子产生、淋巴细胞激活、白细胞增殖、γ干扰素的产生。此外,我们还发现了与肌动蛋白-肌球蛋白丝滑动、钙离子转运有关的基因本体号。与肌肉组织相对照的是,在其他五个组织中发现的差异表达基因没有富集到任何基因本体号。我们目前的研究暗示,通过检测多个组织核基因表达的变化,可以间接地评估线粒体与核基因不匹配对生物体的影响。探究自然界中维持线粒体与核基因不匹配的机制将有助于理解线粒体与核基因相互作用在种群分化及物种形成中的作用。