行政协议对于打破公法监管与私法契约自由之间的隔阂,无疑起到举足轻重的作用。它不仅挑战了传统行政法理论,并且为现代行政法学发展带来了全新课题。追溯行政协议在我国的发展史,呈现在我们眼前的是公法私法化与私法公法化相互碰撞交融的结果。随着民主行政、给付行政的发展,行政协议的应用越来越广泛,这同时代表着它毋庸置疑地成为了一种普遍性的行政行为,并越来越在行政实务中扮演重要角色,行政协议诉讼判决的适用也会越来越普遍,这种较大的应用空间相应地决定了行政协议案件判决方式的多元化特征。因此,行政协议案件判决方式在选择适用时应该平衡公法与私法的关系,对传统行政案件判决方式及专门规定的行政协议判决方式均应纳入到考量范围内,并依据利于解决争议的原则按特定顺序进行选择。人民法院应该优先考虑适用确认有效判决和继续履行判决。如果现实中没有可能继续履行,那么采取补救措施应该是接下来的选择。而补救判决比补偿、赔偿判决优先得到适用。为了更好地完善行政协议诉讼判决体系,首先需要考量的就是立法体例的选择问题。可选择制定《行政协议法》,从而为行政协议判决提供更加完善和易于操作的规则,更好地保障行政协议目的的实现。此外,如果将“双阶理论”作为审理的新思路,由公法规范调整协议协商之前的审批程序等问题,由私法规范调整协议本身出现的问题,这极可能更好地解决判决应然效果与实然效果出现出入的难题。同时有必要兼顾公法与私法之价值考量以及加强裁判文书说理效果来推动行政协议案件判决方式体系的形成。