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近些年来,以计算机、互联网为标志的计算机网络技术的迅速发展及其成功的商业化应用,极大地改变了传统的经济运作模式,由此引起了许多法律制度的调整。1998 年美国 State Street Bank&Trust Co.v.Signature Financial Group Inc.案件的最终判决,从实践上肯定了商业方法专利。商业方法专利保护问题逐渐成为关注的热点,如何将现有的专利制度拓展到网络空间并适用于网络商业方法,促进经济的发展和应对挑战,也成为我们迫切需要解决的问题之一。因此,本文通过对商业方法除外原则和商业方法专利的来源及判例的梳理,比较分析了美国、欧洲、日本对商业方法专利保护的政策转变和实践措施,阐述了在网络经济和电子商务发展中商业方法被纳入专利保护体系的发展趋势;并针对人们对商业方法专利概念模糊,而与传统商业方法相混淆的问题,对商业方法与商业方法专利的内涵进行界定,总结了商业方法专利的特征、与计算机软件和智力活动规则、方法的关系,明确了商业方法发明的本质与传统商业方法的区别。其次,从专利制度的历史发展中阐述了商业方法专利保护的法律价值和经济价值,在分析专利保护、著作权和商业秘密保护模式和主要反对观点的基础上,强调了商业方法专利保护的必要性。重点比较分析了美国、欧洲和日本对商业方法可专利性的规定和解释,并结合《TRIPS 协议》与我国《专利法》关于可专利性主题规定的解读,阐述了商业方法的可专利性及对其资格条件的反思。而且根据美国、欧洲和日本的实践措施,进一步讨论了商业方法专利实质条件(实用性、新颖性和创造性)判断标准,为我国将来实施商业方法专利提供一些理论参考。最后,本文针对商业方法专利涉及的产业利益和我国商业方法专利保护中存在的问题,提出了一些立法建议、政府措施和企业对策,使我国政府和企业将来更好地应对网络时代商业方法专利保护所带来的机遇与挑战。