水稻育种研究的核心是种质,决定了后续研究结果的可用性。运用分子标记以及表型性状（包括农艺性状、品质性状、抗性等）数据对水稻种质进行遗传多样性分析,对于培育高产、优质、适应性强（如耐高温）的水稻品种具有重要的指导性意义。此外,对品种构建指纹图谱用于进一步保护品种权,维护育种家的劳动成果和市场制度具有实用而不可替代的价值。本研究利用24个SSR标记对61份水稻杂交组合材料进行指纹图谱的构建以及遗传多样性分析研究,同时对这批材料的表型性状、稻米品质（碾磨品质、外观品质）、耐热性结实率进行考察,综合评估这批水稻材料的特性。主要研究结果如下:1.筛选出24个多态性丰富的SSR引物对61份水稻材料进行扩增,构建出这批材料的DNA指纹图谱,并绘制树状图。对这批材料进行聚类分析,计算出它们的遗传相似系数在0.51-1.00之间。第I个群主要是西南地区选育的三系杂交组合,第II个群是华中华南地区选育的两系杂交组合以及小部分三系杂交组合,也不乏华中华南地区选育的杂交组合被聚类到第I个群里,像Y两优8517、荟丰优3518、隆晶优1199、裕优205、双优45,可能由于华中华南地区育种利用了西南地区的水稻材料。第I个群和第II个群绝大部分材料分别在遗传相似系数0.70-0.88、0.74-0.98被聚在一起,从不同地区分布上可以看出,这一定程度上说明了西南地区材料之间的遗传差异更大。以遗传相似系数0.68为阈值,可以将第I个群分成i、ii、iii三个亚群和将第II个群分成iv、v两个亚群。从同一地区可以看出,相同地区内的不同系、相同系、相同系列之间的遗传相似度又依次增高。2.通过主成分分析法和系统聚类分析法,完成了表型性状的聚类分析。以表型距离7.5为阈值可以将61份材料分为5类,第I、IV类代表西南地区杂交组合材料,第II、V类代表华中华南地区杂交组合材料。可以看出表型聚类和分子标记聚类整体趋势是一致的,一定程度上可以反应这批材料遗传多样性的大致趋势。3.对61份材料的碾磨品质和外观品质数据进行了主成分分析和聚类分析,根据聚类结果可以将供试材料分为5类:（1）第I类碾磨品质差,外观品质最差;（2）第II类碾磨品质优,外观品质较差;（3）第III类无论是外观品质还是碾磨品质都优;（4）第IV类碾磨品质最差,外观品质一般;（5）第V类碾磨品质优,外观品质一般。4.供试材料的开花期耐热性鉴定结果表明,来源于不同地区的品种类型的耐热性差异明显。华中、华南与西南地区之间整体差异显著,华中、华南与西南高海拔地区的差异明显大于与西南低海拔地区之间的差异,西南低海拔与高海拔地区也有较为明显的差异。在耐热性上,华中华南最强,西南低海拔次之,西南高海拔最差。此外,结果还表明两系杂交组合和三系杂交组合之间的耐热性也存在显著差异,两系杂交组合的平均结实率要比三系杂交组合高,其中高温胁迫下差异更加明显。同时,对每个品种的耐热性进行分级,可以清楚地了解这批材料整体的耐热性。