建立和完善市场经济条件下我国高等教育的政府管理，正确处理政府、市场、社会和高等学校之间的相互关系，充分发挥各自功能，关系到我国高等教育在新的历史发展时期能否适应我国经济转型和社会发展需要的重大问题。因此本文将对此进行重点探讨。 市场经济下加强和完善政府对高等教育的管理，主要基于以下几个方面的理论基础：现代高等教育功能的拓展；市场失灵理论；资源配置的帕累托最优原理；人力资本理论及公共部门经济学理论。 与计划经济不同，市场经济下我国高等教育政府管理的职能将发生重大调整，主要有四个方面：(1)制定宏观调控政策，引导高等教育健康发展；(2)促进完备的教育立法，实行依法治教；(3)多方筹资，不断加大教育的投入力度；(4)加强对高校的教育评估，确保办学质量。 由于当前我国高等教育政府管理中存在政府角色定位存在相对的模糊性，政府管理的法制化程度还不够完善，政府拨款方式存在局限性，高校并无真正的办学自主权，教育评估存在一定的不足等问题，因此迫切需要改革、完善。 加强和完善市场经济下我国高等教育的政府管理，必须理顺政府、高校、市场三者之间的关系，明确和充分发挥各自的功能；明确高校办学自主权，变严密管理为松散管理；建立和健全中介机构，变直接管理为间接管理；进一步加强政府的经济资助，变直接办学为财政管理；确立有效的高等教育法律调控机制，变行政管理为依法管理。