近年来,我国在经济飞速发展的同时,也对生态环境造成了极大的破坏,而恶劣的生态环境也对我国的经济发展产生了严重的影响和制约。资源环境审计既是加强生态文明建设的一项重要举措,同时也对提升经济质量,优化产业结构,做到可持续性发展有着非同寻常的重要意义。但不能忽视的是,因为自然资源资产类型众多,涉及面广,且易随时间变化而发生改变,使得资源环境审计难度较大,传统的审计方式并不能满足资源环境审计的要求,这就需要将资源环境审计与信息化技术相结合起来。因此在当前信息技术大发展的趋势下,如何将资源环境审计与信息技术相结合,提高信息技术的利用效率,更好的发挥出信息技术的优势,是当前需要重点关注的问题。针对目前资源环境审计在实际工作中遇到的困难,审计署要求各级审计机关在资源环境审计中尝试应用地理信息技术,解决在工作中遇到的难题。本文以此为背景,首先是对地理信息系统应用于资源环境审计的现状进行分析,找出其中存在的一些问题,再结合到C市资源环境审计项目中的河长制审计的实际工作后,通过对地理信息系统和资源环境审计发展的总结,分析存在问题,并提出相对应的措施。本文将地理信息系统技术与资源环境审计方法相结合,并通过实际应用,证明了地理信息系统技术能够提高审计效率。因此本文也希望借助地理信息系统技术在实际中的应用,提高审计人员的审计实施能力,提高审计质量。但在实际应用中,也存在不少问题,因此,本文也对这些问题提出了解决措施,（一）加强地理信息数据的收集处理,建立信息交流平台;（二）通过与传统信息技术相融合,找出适合审计人员的运用方式;（三）优化资源环境审计人员队伍专业结构。