随着知识经济时代的到来,科技企业孵化器在全球范围内实现了快速发展,创新孵化事业盛况空前。我国于上世纪80年代末,依托国情创办了高新技术创业中心,与此同时,学术界也开始了科技企业孵化器的相关研究。本文主要运用经济学理论及治理理论知识,对科技企业孵化器治理问题进行研究。科技企业孵化器作为一种新型经济组织,虽然可以有效降低交易费用,为市场中的经济主体提供高效率的制度安排。但是在科技企业孵化器发展过程中也产生了许多问题,如信息不对称引起的逆向选择问题、入孵企业创新动力缺乏、融资的结构性矛盾、科技企业孵化器缺乏理性决策以及政府的政策供给不足等,降低了入孵企业孵化质量,制约了科技企业孵化器的发展。笔者认为科技企业孵化器治理是一个治理主体动态博弈、利益相关方共同治理的市场化协调过程。本文对科技企业孵化器利益相关者进行了归纳与分类,重点选取了入孵企业、科技企业孵化器、政府、高校与科研院所、风险投资机构、中介机构这六个较为典型的治理主体,构建了包含核心层与支持层的科技企业孵化器治理结构,并依次展开核心层治理的经济学分析及支持层治理的经济学分析。本文结合经济学相关理论,归纳分析了科技企业孵化器的特征及科技企业孵化器治理的特征,提出科技企业孵化器的二层治理结构。在此基础上,从治理行为形成机理及完善治理行为两方面,对处于核心层的入孵企业治理与科技企业孵化器治理,以及处于支持层的政府治理、高校与科研院所治理、风险投资机构治理及中介机构治理展开详细的理论分析,突出了科技企业孵化器利益相关者共同博弈、治理核心层与支持层相互作用的的治理特色。随着相关探索与研究的深入,我国科技企业孵化器的治理会不断完善,并朝着治理市场化的方向发展。希望本文的理论分析能够为利益相关者完善治理提供充分可行的理论指导,依靠协同治理强化科技企业孵化器的创新培育功能,为各主体更好地参与治理活动提供借鉴。