财务报告审计意见是广大投资者、股民们进行投资活动,做出重大决策的重要参考指标之一,因此财务报告审计意见对上市公司的影响十分巨大。上市公司财报审计结果一旦被出具负面意见,那么对被审计的上市公司而言是一个巨大的打击,因此如何采取有效措施以获得理想的财务报告审计意见类型成为各上市公司重点关注的问题。制造业被认为是关系国计民生的支柱产业,截至到2019年6月30日,中国的A股上市公司共计3628家,其中制造业上市公司2276家占比为62.73%。然而,目前我国制造业面临着由于“人工红利”逐渐消失带来的人工成本急剧上升,保护自然环境,生产原料价格上涨,产业升级等诸多挑战,其中产业升级挑战最难应对,制造企业面临的经营风险也急剧增加,许多制造业上市公司存在被出具非标准审计意见的风险。而提升内部控制质量能有效改善企业财报审计意见类型,是制造业上市公司切实可行的方法。在此研究背景下,本文回顾了国内外关于企业内部控制理论和企业审计的起源和演变过程,分析和总结了目前已有的研究成果,在此基础上对内部控制质量如何影响企业财报审计意见进行机理分析。并结合我国制造业所面临的产业升级背景提出了七个研究假设,设定因变量和自变量,并搭建了多元回归模型用于回归分析。从我国沪深两市A股的制造业上市公司中选2016-2018年的数据作为总体样本,剔除掉ST公司和数据缺失公司,最终获得515家企业作为样本。利用SPSS23.0及EXCEL分析软件对样本数据完成了内部审计意见和事务所审计意见统计,各个变量的描述性统计分析,各个变量之间的相关性分析,独立样本T检验分析,二元Logstic回归分析以及各相关因素对审计结论影响分析。通过实证检验可知:企业的人均净利润,整体负债中无息负债占比与财务报告标准审计意见呈正相关关系。企业高管集体辞职或频繁离职、商誉规模、企业被违规通报处理次数与财务报告的标准审计意见呈负相关关系。企业拥有专利(含发明和实用新型)及外观设计数量,企业及时披露关联交易信息对财务报告标准审计意见影响不明显。其中高管集体离职或频繁离职对审计意见结论影响最大。再对结合回归分析实证检验结果进行整理总结,并基于这些结论提出了相关建议,为我国制造业上市公司改善内部控制丰富了参考资料。