在企业的创新活动中,研究与开发(R&D)活动是核心,是实现创新的源头。在研究与开发过程中,企业与研究机构或研究人员等行为主体之间通过契约为纽带联系在一起,与瞬时完成的市场交易契约不同的是,研发契约具有其特殊性。研发契约是一种远期交易的承诺,为了增加研发合作剩余,公司与研究人员会进行事前投资。但由于在研发过程中,未来自然状态是不确定的；缔约环境复杂,缔结一份覆盖未来全部事项的完善契约的成本巨大；创新技术知识包括可缔约的显性知识和不可缔约的隐性知识,契约基础具有第三方不可证实性,履约成本高等原因,研发契约总是不完全的。与经典的敲竹杠问题不同的是,在研发创新过程中,产权安排既包括实物资本的产权安排,也包括创新知识产权安排问题。根据不完全契约理论在技术创新过程中,各研发主体的投资效率选择受到研发平台资产产权分配、创新知识成果产权分配、创新知识的可缔约程度等因素的影响。而且,研究完成后形成的创新知识,其转移过程是一种技术转移,技术创新知识产权包括显性知识和隐性知识,知识产权边界不如物质资产产权边界清楚,不易获得产权保护。隐性知识的转移影响到技术成果的转移效率,事前契约为事后技术交易提供了参考点,如果缔约方认为其契约规定的权利受到损害时,会减少隐性知识的转移,从而影响到事后技术转移效率。论文基于研发管理的契约特征,运用不完全契约理论研究方法,研究了企业研发管理过程中的事前研发投资效率与事后技术转移效率问题：关于事前投资激励问题,分为两个方面：其一,关于研发人力资本培训投资激励问题,论文首先建立了不同的博弈规则下的投资激励模型,并结合研发管理实际,从现状点和威胁点两个方面,分析研究了自利性人力资本培训投资和合作性人力资本培训投资激励的问题。对于自利性的人力资本培训投资水平,当研究人员的外部选择具有约束力为威胁点时,并且投资的关系专用性水平k>0.5时,研究人员的投资水平较高,但投资水平仍然是无效率的。当公司的外部选择具有约束力为威胁点时,研究人员会作出社会最优的投资水平；当双方外部选择均不具有约束力时,研究人员作出低于社会最优的投资水平。对于合作性的人力资本培训投资水平,与社会最优的投资水平相比较,事前研发人力资本培训投资,总是存在投资不足,与资产的组织形式和谈判规则无关。随着资产的增加,研究人员的人力资本培训投资激励水平增加。当研究人员的外部选择权为威胁点时,增加了投资激励,其投资水平随着谈判力的增加而增加,可能出现投资过度。其二,关于事前研发努力投资激励问题,论文首先分析讨论了当研究单位存在财富约束和不存在财富约束两种条件下,事后道德风险与研发创新投入激励的关系；然后分析了知识产权配置对研发努力投资激励的影响。在标准的敲竹杠问题中,与社会最优的投资水平即最优解相比,研究单位的投资水平是无效率的,而且投资水平随着事后谈判力的增加而增加。当研究单位没有财富约束时,这些由于合作双方事后再谈判时,存在对合作投资收益的攫取,事前投资阶段不可观察的努力投入将是无效率的结论仍然成立。然而,当研究单位的财务能力有限,存在财富约束时,即只承担有限责任时,如果高质量创新的净社会剩余比低质量创新的社会剩余小时,那么研究单位拥有较小谈判力时的投资激励较大,研究单位的投资激励会随着研究单位的谈判力的增加而下降,该结论与经典的GHM模型的结论相反,因为在事后谈判时,为了促进研究单位投入高努力,必须留给研究单位一定的租金。研究认为,在不完全契约背景下,研究者总是存在事前研发投资不足问题。外部风险投资公司的存在,增加了研究人员事后外部选择收益,能够促进研究人员作出有效率投资；研究者在与外部风险公司分享剩余收益的谈判中的谈判力越强,越能促进研究人员作出有效率投资。创新技术知识溢出程度也影响到研究人员的研发努力,如果创新技术知识溢出程度越大,越不利于研究人员作出有效率地投资。关于事后效率问题,主要研究敲竹杠机会主义行为对技术转移效率的影响,论文首先构建理论模型研究事后敲竹杠机会主义行为对事后技术转移效率的影响；然后从契约安排、产权安排两个方面研究了其对技术转移效率的影响。在研发合作中,由于创新知识边界的模糊性,包括隐性知识和显性知识,如果发生敲竹杠行为一定会引起合作效率损失。事前双方签订灵活契约,允许双方根据不确定性状态调整交易条款,但是不利之处在于它易导致事后争论,引起折扣效率损失。而固定价格的刚性契约在正常时候可以避免事后争论,但是事前很难找到适合的许可费用,如果在事后创新价值或成本落在正常的范围之外时,一方会采取敲竹杠行为而重新与对方谈判,导致事后效率损失,事前签订灵活契约优于事前签订固定的刚性契约。对于研发创新过程中由于敲竹杠引起的技术转移效率问题,一体化组织形式并且创新知识产权赋予公司的敲竹杠行为发生的可能性低,事后效率损失即讨价还价成本低。在非一体化组织形式下,将创新知识产权赋予公司可以降低敲竹杠行为发生的可能性。论文除了上述两个主要研究方面的理论研究外,还对研究模型进行数值算例检验,并选择现实中的案例进行了分析。此外,论文还对研究不完全契约理论中的敲竹杠问题及研发效率问题的研究文献进行了梳理和评述,提出本论文的研究问题,最后对本文的研究进行了总结,并对提出了本文尚存的不足之处和未来的研究方向。