藻蓝蛋白是蓝藻和红藻中重要的捕光蛋白,具有清除自由基的能力、抗肿瘤、抗炎性、抗辐射、抗衰老、提高免疫力、促进细胞增殖等生物活性。在食品、化妆品、医药以及生物工程领域具有广阔的应用前景。　　 本文运用双向电泳技术对发菜藻蓝蛋白进行分离,并经过凝胶图像分析和MALDI-TOF-TOF/MS鉴定和数据库检索,根据藻蓝蛋白己知氨基酸序列及其相近物种的藻蓝蛋白核酸序列设计简并性引物,应用TA克隆技术,首次从发菜基因组中克隆出了藻蓝蛋白的α亚基与β亚基两个基因的编码序列及两者之间的间隔序列,全长为1097 bp。并进行比较分析得出β亚基基因序列位于α亚基基因序列上游,两者之间通过89 bp的基因片段连接。编码β亚基和α亚基的基因序列全长分别为519bp和489bp。GenBank登录号为:GU549478。对其推导出的氨基酸序列进行生物信息学分析,α亚基的分子量为17.5kD,等电点为5.90。Β亚基的分子量为18.1kD,等电点为5.28。Α、β亚基的氨基酸序列与其它物种有很高的同源性。并采用四种不同的方法对其二级结构和两种方式对三维结构进行预测发现,藻蓝蛋白α、β亚基均是由α螺旋和随机卷曲组成,而且它们的三级结构很相似。在藻蓝蛋白α亚基的第Cys84位有一个色基结合位点,发菜藻蓝蛋白β亚基在Cys82位和Cys153存在两个色基结合位点。将得到的藻蓝蛋白基因插入原核表达载体pET28a(+)中,构建重组原核表达载体,并转化到表达宿主菌BL21中,SDS-PAGE电泳显示其转化菌经IPTG诱导表达出与预期值相符合的重组蛋白。