在中国,以行业科研院所为骨干力量的科学技术创新体系具有鲜明的中国特色,是中国攀登世界科学技术革命制高点的主力军。作为一种特殊的产业组织形式,中国行业科研院所是中国国家科学技术创新系统的重要组成部分,承担着国民经济中各行业的科学技术进步和发展职责,直接关系到中国经济社会的可持续发展和行业核心竞争能力；特别是原国务院各部委所属的中央级转制科研院所,作为国民经济中各行业科研院所的“国家队”,始终处于行业价值链的最高端,在中国参与世界产业分工的过程中占据着举足轻重的地位。因此,科学评价中国行业科研院所的效率水平,优化配置相对有限的科技资源,对中国的经济发展和产业结构调整及升级具有十分重要的理论意义与现实意义。本文较为系统地梳理了效率理论、科技资源配置理论及效率与科技资源配置的关系,明确界定了效率、科技资源配置等概念和研究范畴,结合中国国情构建了颇具特色的中国行业科研院所效率评价指标体系,并在此基础上搜集大量数据,运用包括数据包络分析方法、Malmquist指数分析方法等数理经济学和应用统计学工具,实证分析了中国行业科研院所的效率和科技资源配置现状。研究发现：中国行业科研院所的整体效率较低、科技资源配置较不合理；发展中还存在一些不利因素,例如：经营粗放、规模较小、市场结构和产权结构不合理、创新不足、资金运用效率低以及风险管控机制不健全等现实问题。作者认为,可以通过改善中国行业科研院所的内外部科技资源配置状况,从而提高其效率水平,主要方法和路径归纳为“一个优化、五个提升”。一是建立科技资源配置的统筹管理体制,优化创新环境。主要措施有：统一编制科技预算、统筹管理科研经费,合理布局国家产业研发网络,建立多元化的科研经费投入体系,完善科技创新的金融支持体系,规范知识产权保护体系,以及健全科技成果转化服务体系。二是构建垄断竞争型科技市场结构,提升市场效率。主要措施有：科技资源适度集中和相对分散并重,建立以大型科研院所为主导、中小型科研院所并存的垄断竞争型市场结构；消除壁垒、建立高效率的科技市场,让行业科研院所在市场机制下“优胜劣汰”,优化科技资源的配置,提高科技资源的运用效率。三是发挥行业大院大所的骨干作用,提升规模效率。主要措施有：增强中国行业科研院所的科技创新能力,改革中国行业科研院所的产权制度,推动中国行业科研院所的并购重组。四是改善经营模式和人力资源配置,提升管理效率。主要措施有：推进中国行业科研院所的集约化经营,培育中国行业科研院所的综合经营,强化科研经费管理、减少资金浪费,以及整合行业科技人力资源、优化科技人力资源配置。五是促进产学研合作和科技成果转化,提升交易效率。主要措施有：促进产学研在科技市场上的合作,加大科技经费投入、面向市场设立科研项目,利用政府采购制度等优惠政策引导和支持科技成果产业化。六是调整科技资源重点投入方向,提升生产效率。主要措施有：优先发展信息产业,扶持行业科研院所的科技主导地位；加强基础设施建设,鼓励行业科研院所掌握核心技术；促进高技术产业发展,发挥行业科研院所的科技主力军作用。在论文研究过程中,作者始终坚持以中国行业科研院所在国家、行业中的特殊定位和功能为出发点,以提升中国国民经济各行业和行业科研院所自身的科技创新能力为目标,结合中国特色的科学技术管理体制改革实践和最新进展情况,构建了与众不同的中国行业科研院所效率评价指标体系,并通过对中央级转制科研院所进行实证分析和研究,得出相关结论,提出相应的对策和建议。这是对中国行业科研院所的效率评价及科技资源配置研究的一次有益探索和创新。