院系等学术组织及其相互联结形成了大学学术组织结构,它对发挥大学学术组织功能起到了关键性的作用。纵观我国大学学术组织结构的历史演变,学术组织结构从最初的“大学—学院—学系”“学校—学系—教研室”逐渐为“学校—学院—研究室/学科组”,其变革的外部牵引力远超过了内部驱动力,导致学术组织结构遵循着自上而下的变革路径。本文对全国143所本科院校的院系设置或教学科研机构设置查询与追踪,发现目前我国大学学术组织结构在纵向和横向设置上普遍存在问题。学科既是系统化和规范化知识的载体,又是大学学术组织活动的核心,成为了知识和大学学术组织之间的桥梁。基于传统知识论和社会知识论,从本然和应然的角度,提出学科高度分化又综合的发展逻辑。大学学术组织结构的构建理应顺应学科的发展逻辑,使学术组织结构纵向上提高学科相对独立性的同时,横向上也促进不同学科之间的融合。因此,遵循以组织管理幅度为前提,以学科发展为核心,以人的成长为本的理念和普遍原则,探究我国大学学术组织结构优化的路径。在纵向上实施“学院制”下的扁平化学术组织结构,提高学科相对独立性并深层次发展。作为扁平化学术组织结构的有效补充,横向构建“学科群”网状的柔性化学术组织结构,增强纵向学术组织的灵活性和容纳性,促进不同学科融合。基于此,提出了“学院制”下学术组织结构优化和“学科群”学术组织结构发展保障机制。