为了促进科技与经济的结合,使科学技术成果转化进一步加速,我国于上世纪实施了国家工程研究中心的建设计划。工程研究中心是我国科学技术创新体系的组成部分,是国家和地方发展和改革委员会根据产业结构优化升级的重大战略需求,以提高自主创新能力、增强产业核心竞争能力和发展后劲为目标,组织具有较强研究开发和综合实力的高校、科研机构和企业等建设的研究开发实体,本质上是以市场为导向的新型科研开发平台,是国家推动理论科技向实际生产力转移的关键工具,同时也是推动政府、高校和企业三者加强联系,共同完善我国技术创新体系的重要组成。内蒙古自治区参照国家管理体制,于2012年开展内蒙古自治区工程研究中心建设工作。本文主要以内蒙古自治区工程研究中心运行机制为研究对象,在分析借鉴国内外现有工程研究中或相似科研开发实体建设情况的基础上,结合多中心理论和三重螺旋理论,分析了目前内蒙古自治区工程研究中心建设和运行情况面临的主要问题,并提出了完善内蒙古自治区工程研究中心运行机制的优化对策。本文分析了内蒙古自治区工程研究中心治理的困境,指出既有行政管理过多参与、治理主体过于单一、建设主体能力不强、建设定位不清、机构研发经费投入不足等因素,也有科技中介服务支撑落后、区域创新不完善、行政主管单位交叉、地区研发经费投入较低、绩效评价结果运用不充分,还有行政管理和科技管理主体的无序、工程研究中心科学研究的分散化、无法整合优质的科技资源等因素影响着工程研究中心实现建设目标的实现。本文认为内蒙古自治区工程研究中心治理的目的是寻找符合实际的运行机制,以提升内蒙古自治区创新驱动水平和经济发展水平。工程研究中心建设和运行现状是内部外部各利益相关主体在工程研究中心发展中互相作用后实现的结果,是利益相关主体在遵循内部发展逻辑和契合外部环境的互动博弈中实现力量平衡的结果和表现,这种治理结果是工程研究中心适应外部环境变化与各利益相关主体博弈后形成的动态平衡。拓展工程研究中心治理参与的主体范围和参与程度,可以克服一元主导和二元互动带来的社会效率的下降,以确保多元主体参与治理实践的顺利进行。