20世纪80年代产生的村民自治是我国民主政治建设过程中的一项伟大成果。在之后30多年民主建设推行历程中,村民自治取得了非凡的成就,对国家农村经济社会发展和全面进步有极其深远的意义。然而,村民自治方案推行以来,村民自治组织功能异化问题的争论一直没有停止过。随着中国民主建设的进一步推进,公民民主意识的稳步提高,农村村民自治组织的功能异化逐渐成为完善基层社会治理的一个突出问题。近年来,村民自治组织的功能异化问题频繁出现在各类权威报纸书刊上。自治组织机构越来越庞大,人员工资发放以及日常开支越来越依赖于集体土地流转,有的地方还出现了集体贪污腐败丑闻,甚至引发群体性事件。越来越多的村民对村民自治表现出的冷漠的态度,有的村委会已经异化成乡镇基层政府领导下的下一级行政机构(简称二政府)农村村民自治组织为何异化为“二政府”?这种功能异化有什么制度的逻辑?本文通过文献研究法、个案研究法、访谈法,广泛查阅资料,运用异化理论、制度变迁理论和民主参与理论阐述了自1950年以来村民自治组织异化之路、制度根源以及未来功能回归的治理方向。通过个案研究法,本文对浦东新区A镇村民自治组织的实际运行情况进行重点分析,了解其辖区内村民自治组织功能异化现状。如通过对村委会组织结构,镇政府对村委会人员认可情况,派到村委会的工作内容以及财政收支情况等调研数据进行分析研究,来揭示我国现代化过程中国家与基层社会关系的演变情况,从而为村民自治建设提供理论指导,促进农村治理现代化进程和农村社会的稳定发展。由于本文研究的是以A镇村民自治组织为基础,村民自治组织的功能异化问题需要更多的代表性案例进一步深化研究。