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随着高通量SNP基因分型技术的快速发展，全基因组关联分析(Genome-wide associationanalysis，GWAS)已经成为研究肉牛重要经济性状相关QTL的有力工具。目前，已经发现大量的SNP位点与肉牛重要经济性状显著相关。但在研究中发现一个问题:在一个肉牛群体中发现的显著SNP位点在另外一个群体中无法检测到，而我国肉牛育种的现状是品种多而杂，育种群规模小，如何将多个品种数据整合分析挖掘显著的SNP已成为目前研究的重点。 本研究在我团队已建立的西门塔尔牛、雪龙黑牛两个参考群体的基础上，利用获得的770KSNP基因型以及1217头西门塔尔牛和476头雪龙黑牛和尚头重、金钱腱重、后腱子重和腹肉重的表型数据，首先进行了单群体内全基因组关联分析，相互对照提高定位主效基因的准确性，然后探索性地对两个群体的混合群体进行了全基因组关联分析，得到如下结果: 1、在西门塔尔牛群体中，发现了与和尚头重，金钱腱重，后腱子重相关的9个显著SNP和8个潜在显著SNP，分别位于牛的6号，14号和15号染色体上。其中，BovineHD1400007259(p-value＜10-8)落在14号染色体上PLAG1基因内，该位点与西门塔尔牛和尚头重，金钱腱重，后腱子重三个性状显著相关，并且在金钱腱重的性状中可以解释高达8.6％的表型方差。 2、在雪龙黑牛群体中，发现了与和尚头重、金钱腱重和腹肉重3个性状显著相关的位点17个，它们分别位于11个基因内;其中落在14号染色体上的6个显著SNP位点(BovineHD1400012244、BovineHD140000623、BovineHD1400015773、BovineHD1400015773、BovneHD1400013403和BovineHD140001305)与雪龙黑牛金钱腱重显著相关。 3、西门塔尔牛和雪龙黑牛的混合群体GWAS分析发现，单群体中与金钱腱重性状显著相关的位点在混合群体中并未检测到，获得的较显著位点BovineHD1400011574(P-value=2.23E-06)未达到闽值，但也位于14号染色体上。 综上所述，本研究发现14号染色体上的BovineHD1400007259（位于PLAG1基因内）和BovineHD1400012244位点附近可能存在着与牛金钱腱重显著性相关的主效基因或QTL。