NSD2沉默对三阴乳腺癌基因表达谱及生物学行为的影响

来源 :大理大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:a6863156
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
目的:本研究结合基因芯片、生物信息学方法及体外实验,在三阴乳腺癌(Triple negative breast cancer,TNBC)细胞系MDA-MB-231中沉默NSD2的表达,观察其对TNBC细胞生物学行为及药物敏感性的影响,探讨NSD2在TNBC中可能发挥的作用和机制。方法:构建沉默NSD2表达的稳定细胞株,应用基因芯片技术检测沉默NSD2表达后MDA-MB-231细胞基因表达谱的改变并筛选出改变具有明显差异的基因。使用KEGG、DAVID、STRING及Cytoscape等工具对差异基因进行分析并筛选相关的Hub基因,使用Kaplan-Meier Plotter对Hub基因进行预后分析。使用CCK-8细胞增殖实验、Hoechst(33258)细胞凋亡染色实验、流式细胞术及Western Blot免疫印迹实验检测沉默NSD2后TNBC细胞生物学行为及死亡受体相关蛋白表达的改变。结果:成功构建沉默NSD2表达的MDA-MB-231稳定株,沉默NSD2表达后,TNBC细胞的表达谱发生明显改变,共发现483个差异基因,其中上调基因324个,下调基因159个。对差异基因进行KEGG通路富集分析显示,与NSD2相关的差异基因涉及细胞因子-细胞因子受体相互作用(Cytokine-cytokine receptor interaction)、程序性细胞死亡(Necroptosis)、TNF信号通路(TNF signaling pathway)等30条信号通路。基因本体(Gene Ontology,GO)功能富集分析结果提示,上调基因一共富集到79个生物学过程(Biological process,BP)、14个分子功能(Molecular function,MF)、29个细胞成分(Cellular component,CC),下调基因一共富集到166个BP、36个MF、56个CC(P<0.05),其中差异基因富集指向了多个肿瘤GO过程。通过Cytoscape中的Cytohubba插件对显著性差异基因的蛋白蛋白相互作用网络(Protein protein interaction network,PPI)进行Hub基因筛选,我们共筛选出25个Hub基因。经过Kaplan-Meier Plotter进行预后分析,共发现CCL5、CXCL10、CXCL11、IFIT1、IFIT2、IFIT3、OAS1、OAS2、IRF1、ISG20、IFIH1、RSAD2、THBS1、DDX58、MX1、HERC6等16个NSD2相关的差异基因与TNBC预后显著相关(P<0.05)。CCK-8实验检测结果显示:紫杉醇(Paclitaxel,PTX)能够抑制细胞的增殖,且其作用具有药物剂量和时间的依赖性。沉默NSD2表达后,与sh NC组相比,sh NSD2-1组与sh NSD2-2组的细胞存活率下降。PTX作用转染细胞后,Hoechst(33258)染色与流式细胞术凋亡检测结果显示:与untreated组相比,PTX处理组细胞凋亡率增加;untreated组细胞中,sh NC组与sh NSD2-1组、sh NSD2-2组细胞凋亡率无差异;PTX处理组细胞中,与sh NC组相比,sh NSD2-1组、sh NSD2-2组细胞凋亡率增加,细胞数量减少。Western Blot结果提示:untreated组中,与sh NC组相比,sh NSD2-1组中TNFAIP3、DR5、Fas蛋白表达量明显升高(P<0.05),CASP-1表达量略微升高,PARP1表达量下降(P<0.05),TRAIL表达量略微下降,Cleaved PARP1变化不明显;sh NSD2-2组中各蛋白表达量均升高,差异具有统计学意义(P<0.05)。PTX组中,与untreated组相比,各蛋白表达量均明显升高(P<0.05);与sh NC+PTX组相比,sh NSD2-1+PTX组中TNFAIP3、DR5、CASP-1、Fas蛋白表达量明显升高(P<0.05),Cleaved PARP1、TRAIL表达升高,PARP1表达量略微下降;sh NSD2-2+PTX组中各蛋白表达量均升高(P<0.05)。对上述蛋白进行预后分析发现,除PARP1外(P<0.05;HR>1),其余5个蛋白高表达均提示预后良好(P<0.05,HR<1)。结论:1.沉默NSD2可显著改变TNBC细胞的基因表达谱,与NSD2相关的差异基因涉及多条肿瘤相关信号通路。2.筛选出CCL5、CXCL10、CXCL11、IFIT1、IFIT2、IFIT3、OAS1、OAS2、IRF1、ISG20、IFIH1、RSAD2、THBS1、DDX58、MX1、HERC6等16个NSD2相关的差异基因可能成为TNBC预测预后的潜在生物标志物。3.沉默NSD2可以抑制TNBC细胞的增殖能力,增强其对PTX的药物敏感性,NSD2可能介导TNBC患者的PTX耐药,沉默NSD2联合PTX治疗可能改变患者预后结局。4.沉默NSD2与PTX之间具有协同效应,可以诱导TNBC细胞发生死亡。NSD2可能通过抑制死亡受体介导的细胞凋亡通路、CASP-1介导的经典细胞焦亡通路等增强TNBC细胞增殖能力、抑制其发生死亡。5.TRAIL/DR5、Fas、CASP-1、TNFAIP3等可能与乳腺癌关系密切,其表达升高与患者预后之间呈正相关,可能是用于预测乳腺癌预后结局的分子靶标。
其他文献
管廊是条形地下空间结构,跨度小而长度大,对于保障城市的正常运行和人民生产、生活的各种需要有重要意义。明挖施工、现场浇筑是较为常见的管廊施工方式,这种施工方式需要基坑开挖和支护,现有设计计算方法仅考虑支护结构在临时支护工况下的挡土作用,但在正常使用工况下,支护结构仍然存在且对管廊受力发挥不可忽视的作用。现有设计理论简单便于使用,但无法满足经济节约、受力合理的需求,本文依托工程实例,采用数值分析、公式
目的:本实验拟建立四氯化碳(Carbon tetrachloride,CCl_4)诱导的大鼠肝纤维化模型,研究美洲大蠊抗肝纤维化提取物(PA-B)对肝纤维化的作用,并初探其作用机制,为美洲大蠊抗肝纤维化药物的研究提供参考。方法:1.建立CCl_4致大鼠肝纤维化模型,并用PA-B进行干预,采用HE、Masson染色,观察大鼠肝纤维化的病理学改变;微板法测定大鼠血清中肝功能指标ALT和AST;ELIS
目的:灯盏花素是从灯盏花中提取的黄酮类成分,具有改善微循环、扩张血管、降低血液黏度、增加脑血流量和心脏冠脉流量等作用。临床上对脑缺血再灌注损伤的疗效确切,但其机制涉及因素较多,尚未完全阐明。本研究以肠道菌群为靶点,从肠道菌群依赖的脑TLR4/My D88/NF-κB通路和肠CYP3A4入手,探究灯盏花素对脑缺血再灌注损伤大鼠的作用及作用机制,以期为脑缺血再灌注损伤治疗寻找新的作用靶点,以及为灯盏花
目的:探讨在肌松监测仪的指导下,深度肌松对比中度肌松对肺癌患者行硬质气管镜支架置入术的影响。方法:选择择期手术中,需行硬质气管镜支架置入术的肺癌患者40例,随机分为两组(各组20例):深度肌松组和中度肌松组,分别记录为D组和M组。手术均采用全凭静脉麻醉和喷射通气,在肌松检测仪指导下,通过单次注射配合持续输注顺式阿曲库铵的方式控制和调节肌松程度,使各组肌松维持在相适程度:D组PTC1-2,M组TOF
随着我国经济的飞速发展,整个社会的消费水平不断提高,人民对畜牧肉类,尤其是家禽肉类产品的需求也在持续增长。其中,在肉类产业结构方面,肉鸡占很大一部分比重。但在肉鸡的饲养过程中,养殖者并不能确保肉鸡的健康状况,由于声音信号的获取和处理都较为容易,且在声音信号中蕴含着大量的信息,因此可以通过声音对肉鸡的健康状况进行监控和预测。本文首先设计了音频采集系统,对白羽肉鸡的声音信号进行采集与传输,然后将采集的
目的:探讨脓毒症患者血清HSP90α(Heat Shock Protein 90 alpha,HSP90α)表达水平在诊断脓毒症及预后中的应用价值,并探索其潜在机制。方法:1、收集2019年9月至2020年9月于大理地区某三甲医院就诊的50例健康对照者、150例脓毒症患者的相关资料,记录研究对象姓名、性别、年龄、入院时间、基础疾病、感染部位、序贯性器官功能衰竭(SOFA)评分等一般资料,并进行统计
目的:为了了解SPATA 48、miR-130a、miR-26a-1和miR-27a基因的变异与人类生精障碍的关系,并为男性不育和生精障碍遗传病因的研究提供新的参考资料。本研究对上述四个基因的常见单核苷酸多态性位点的多态性与无精症和少精症的相关性进行调查。方法:鉴于以上原因,本研究在正常生育男性和生精障碍患者中,利用Snapshot技术、聚合酶链反应(polymerase chain reacti
目的:比较右美托咪定分别联合丙泊酚、依托咪酯及丙泊酚-依托咪酯混合液在胃癌根治术中的临床应用效果。方法:选取择期行胃癌根治术的患者90例,将患者随机分为丙泊酚组(P组)、依托咪酯组(E组)和依托咪酯-丙泊酚混合液组(PE组),在BIS麻醉深度监测下行麻醉诱导,P组给药顺序为:舒芬太尼0.4ug/kg、丙泊酚泵注(0.04ml/s)、罗库溴铵0.6mg-0.8mg/kg,E组给药顺序为:舒芬太尼0.
目的:随着转录组测序技术的发展,长链非编码RNA被认为在肿瘤诊断、治疗和预后方面具有广阔应用前景的生物标志物。前期研究表明,DNA损伤激活的非编码RNA(Non-coding RNA activated by DNA damage,NORAD)在多种肿瘤中高表达,并参与了肿瘤细胞的增殖、侵袭和转移等病理过程,其表达水平的异常是肿瘤患者不良预后的危险因素。然而前期关于NORAD表达与肿瘤患者预后和临
目的:白癜风是一种常见的色素性皮肤病,其发病机制与遗传因素密切相关。近年来,越来越多的研究评估了亚甲基四氢叶酸还原酶(MTHFR)rs1801131和rs1801133多态性与白癜风风险的关系,但结果仍存在争议。目前的荟萃分析是为了进一步评估MTHFR多态性与白癜风易感性的相关性。方法:通过检索Pubmed、The Cochrane Library、Embase、中国期刊全文数据库(CNKI)、中