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由脂肪细胞、心肌细胞、骨骼肌细胞、乳腺细胞和巨噬细胞等实质细胞合成和分泌的脂蛋白脂酶(LPL)是一种酰基甘油水解酶,在所有动物体内的脂类代谢和运输过程中起重要作用。本文主要对鹅LPL基因外显子4、5、6和内含子4、5、6序列进行克隆并对其编码蛋白质残基进行分析研究,结果如下:1.利用LPL基因外显子的高保守性,参照鸡的LPL基因序列,设计引物P和Q分别扩增鹅LPL基因外显子4至外显子5和外显子5至内含子6片段。对扩增产物进行,测序,依据外显子和内含子的gt-ag拼接规则,得到鹅LPL基因外显子4、5和6的长度分别为112bp、234bp和243bp以及内含子4、5和6的序列长度分别为:1526bp、187bp和1102bp,结果登录在GenBank,ID:DQ105796和DQ105797。2.利用DNAStar 5.01软件,分析鹅LPL基因外显子4、5、6和内含子4、5、6序列,与其它13个物种的LPL基因序列进行同源性分析,结果显示鹅与鸡的同源性最高(91.9%),与其它物种的同源性在74%～78%之间;而内含子同源性较低,差异很大。以外显子4、5和6构建核酸进化树,发现鹅鸡较早地与哺乳类动物分化开来;食草动物和猪、灵长类以及食肉类动物之间在分化上表现出明显的特异性,每类之间分化明显,而类内则较为一致。3.鹅LPL基因外显子4、5和6编码LPL蛋白质中的196个氨基酸。分析该段蛋白质的氨基酸组成,比较不同物种之间的氨基酸序列的同源性,结果表明:鱼类最早分化,然后是鹅鸡、猪、鼠类和哺乳动物的分化。分化越晚的物种,其氨基酸的同源性越高。4.计算鹅LPL基因外显子4、5和6的密码子使用频率,比较不同物种LPL基因外显子4、5和6的密码子使用策略,结果显示不同的氨基酸在该区域采用不同的密码子使用策略,Ala偏爱使用GCU,Arg使用CGC,His使用CAC,Leu使用CUC+CUG,Ser使用AGC,Val使用GUG,Thr使用ACC等,显示出密码子使用的非随机性;比较分析结果显示,鹅密码子使用策略与其它物种有明显的区别,其中鹅与食肉类动物(狗、猫和貂)的密码子使用频率的相似系数较低(小于0.36),与人、牛、羊和狒狒的相似系数为0.4~0.5,与猪和鼠的相似系数为0.55~0.65,与鸡的相似系数达0.839,表明鸡鹅在该区域的密码子使用策略相似。5.分析该区域氨基酸的亲水性、电荷密度分布和氨基酸特定区域位于蛋白质表面的概率,结果显示氨基酸残基位于LPL表面的区域恰恰是亲水性较强和电荷密度较高的区域,而表面概率较小可能位于LPL沟槽中的氨基酸残基是一些亲水性小、电荷密度小或是负电荷的区域,表明前者是LPL的结合区域,而后者则可能是隐藏有LPL的活化或催化部位的区域。6.运用PCR-RFLP技术,选用限制性内切酶HinfI、PstI、PvuⅡ对鹅LPL基因内含子4进行多态性分析。对123个鹅样本的内含子4的PCR-RFLP分析发现存在多个酶切位点,其中HinfI有2个位点,PstI有3个位点,PvuⅡ有3个位点,但未发现有多态性。