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水功能区水质保护最重要的指标就是纳污能力。所谓的纳污能力即代表水功能区水体降解、自净污染物或者允许污染物排入的最大能力（纳污量），一般应用数学模型来评估。流域或区域若要实现水资源优化配置和有效保护，须在水功能区划与水质保护目标业已确定的基础上，结合南沙河具体特征，应用数学模型评估相应功能区水质保护的计算参数和纳污能力（纳污量），为实行纳污总量控制规划提供直接依据。