立足村镇、服务三农、提高农村金融服务水平是设立村镇银行的初衷，亦是村镇银行的服务宗旨，而在市辖区设立的村镇银行却存在支农力度不够的问题。以丽江古城富滇村镇银行为例，2010年10月22日正式开业，2010年末、2011年1季度、2季度村镇银行涉农贷款余额仅占各项贷款的14.15%、1.21%、1.47%。市辖区村镇银行支农性弱化的问题及成因值得密切关注。
　　一是选址远离农村。市辖区村镇银行选址在经济相对发达的城镇，远离县域及乡镇，远离农村金融市场，其服务面无法触及县域内农户、农业、农村经济发展需求。
　　二是支农让位生存。市辖区村镇银行起步晚、底子薄，经营过程中往往选择“先生存后支农”。这源于其一，盈利困难。村镇银行营业收入来源单一，仅有贷款利息收入，而可贷资金缺乏；银行刚起步，各项开支、技术设备投入、业务库代理费等营业支出较大；税赋重，无法享受类似信用社发展过程中强有力的税收优惠。其二，农村信用环境建设滞后，农民有效抵押少。涉农贷款的高风险、高成本、低收益性使村镇银行放缓支农步伐。其三，作为自负盈亏、自担风险的独立法人，实现企业的盈利最大化是发起人和出资人追逐的目标，支农性与盈利性产生矛盾且涉及生存时，盈利必将成为首选。
　　三是激励支农不够。市辖区村镇银行目前无法充分享受鼓励村镇银行支持地方经济发展，加大对“三农”的支持力度的激励政策（“三个办法两个通知”），支农积极性受挫。其一，村镇银行依贷款增速享受的中央财政定向费用补贴仅针对2008—2010年间的经营状况，成立较晚的村镇银行可享受补贴时间短，且补贴仍需交纳所得税。其二，县域金融机构涉农贷款增量奖励资金及鼓励县域金融机构将新增存款用于当地贷款的两个办法考核的是县域金融机构，市辖区村镇银行不在考核范围之内。其三，依农村金融有关税收政策村镇银行可享受3%的营业税，而实际操作中税务部门因市辖区村镇银行所在地而征收5%的营业税。其四，涉农贷款和中小企业的贷款损失准备金税前扣除政策对普遍无不良贷款的村镇银行影响不大。
　　四是支农约束欠缺。《村镇银行管理暂行规定》中第三十九条以及《中国银监会关于加强村镇银行监管的意见》中“支农服务监管”的相关规定明确了村镇银行立足县域，服务三农的市场定位。这些规定主要从原则性的层面阐述村镇银行服务“三农”的定位和支农服务评价办法，而缺乏具体的、可操作的执行制度。强制、明晰的村镇银行贷款投向，服务“三农”工作的具体考核指标以及支农不力的惩处措施等具体相关规定的缺乏，易使村镇银行有意无意偏离其服务宗旨。
　　五是支农竞争力薄。市辖区村镇银行在支农市场竞争中处于劣势。其一、市辖区涉农贷款竞争激烈，村镇银行与扎根“三农”已久的农村信用社、农行、农发行竞争市辖区内城中村农户、农村企业及城市农业企业贷款缺乏优势。其二，资金来源渠道单一，可贷资金少。网点覆盖率低，金融产品单一，市场对村镇银行的认可度不高，公信力不足，导致村镇银行吸储难，存贷比高位运行，可贷资金规模非常有限。其三、支付结算渠道不畅通。村镇银行汇兑结算及征信报告查询功能欠缺，使村镇银行跨行及异地业务支付环节增加，汇兑业务不能即时到账，贷款征信查询费时，客户满意度不高。