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葫芦洞发育于震旦系上统白云质灰岩、灰质白云岩中。洞穴长1200m，其中主洞长约800m，洞宽2－30m，高2－20m。洞道由四个洞厅、一个岩溶湖和二段峡谷状洞道组成，呈北东、北北东或的南北向展布。洞穴的发育明显受北东、北北东或近南北的断裂、裂隙构造和碳酸盐岩层面控制。洞口海拔高程约1600m，洞穴顶板覆盖厚度80－100m。洞穴内碳酸盐次生化学沉积物极其发育，其形态各异，构成千姿百态、绚丽多彩、玲珑剔透的景观特色。洞穴沉积物不仅具有旅游开发价值，而且蕴含了丰富的古气候环境信息。