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目的筛选研究肠道菌群的最佳标本类型,初步分析肠易激综合征(IBS)患者各亚型肠道菌群多样性变化及特异性菌群结构。方法根据罗马Ⅲ诊断标准,严格选择腹泻型IBS(IBS-D)患者51例,便秘型IBS(IBS-C)患者29例,混合型IBS(IBS-A)患者22例,以及健康对照者(对照组)40例;选择肠腔内液、组织、粪便作为标本进行优越性筛选;提取基因组DNA,巢式聚合酶链反应扩增细菌16srDNA及V1～V3区,采用变性梯度凝胶电泳等技术分析菌群多样性。结果同一患者不同标本中菌群多样性和结构组成比较显示,肠腔内液和组织标本相似,粪便标本与其他两种标本有明显差异;与对照组比较,IBS患者组菌群多样性指数(Shannon指数和Simpson指数)明显降低,差异有统计学意义(P<0.05);测序结果共鉴定出10条序列,于美国国家生物技术信息中心数据库blast后显示为:Bacteroides、Lachnospira、Enterobacter、Lactobacillus、Butyrivibrio、Enterococcus、Pseudobutyrivibrio、Bifidobacterium、Dorea、Tender fusobacterium,其中Enterobacter在所有IBS亚型中均明显增高(P<0.01);Bacteroides主要在IBS-A患者肠道定植增多(P<0.05);Lactobacillus和Bifidobacterium在IBS-D、IBS-C患者肠道定植明显多于对照组(P<0.01);Enterococcus只在IBS-A患者肠道定植增多(P<0.01);Tender fusobacterium只在IBS-D患者中减少(P<0.05);Dorea在IBS-D和IBS-A患者中出现频率增高(P<0.01)。结论肠腔内液标本可代替组织标本研究IBS患者肠道定植菌群结构和组成;IBS患者肠道菌群多样性明显降低,且各亚型肠道菌群组成和数量也有明显差异。