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学科专业目录是富有中国特色的高等教育产物，历经60年的发展，从人才培养规格演变为知识政策手段，同时也引发了学科建制的合法化、人才培养的同质化和组织建制的行政化等问题。出现这些问题的根源就在于混淆了以下五组逻辑关系，即计划逻辑与市场逻辑的颠倒、学科逻辑与目录逻辑的误解、问题逻辑与合作逻辑的缺失、学术逻辑与行政逻辑的错位以及应用逻辑与理论逻辑的反差。因此，只有把握好学科专业目录的特殊性和阶段性特征，按照其应有逻辑重新定位其性质和职能，才能实现制度的优化与改进。