【背景】城市湿地和天然湿地受到人为扰动影响的程度显著不同。【目的】研究2种不同类型湿地底泥微生物多样性及种类的差异。【方法】采集冬夏两季城市湿地（龙凤湿地）和天然湿地（珰奈湿地）的底泥样品,使用16S rRNA基因测序技术测定底泥中细菌和古菌群落结构,分析2种湿地底泥的细菌、古菌差异及环境因素与微生物的相关性。【结果】龙凤湿地底泥中的硫杆菌属（Thiobacillus）、芽孢杆菌属（Bacillus）和鞘氨醇单胞菌属（Sphingomonas）丰度显著高于珰奈湿地（P＜0.05）;Methanoregula在珰奈湿地底泥中的丰度高于龙凤湿地;冬季厌氧绳菌属（Anaerolinea）和甲烷八叠球菌属（Methanosarcina）在珰奈湿地底泥中的丰度显著高于龙凤湿地（P＜0.05）。【结论】龙凤湿地与珰奈湿地的差异主要影响湿地底泥中参与元素循环的细菌和产甲烷古菌的丰度,人为干扰和低温会降低湿地中微生物的多样性,pH、盐分和碱性磷酸酶是显著影响微生物多样性的环境因素。