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基层学科组织是高校核心组织。近年来，省属本科高校适应高等教育发展的需要，围绕基层学科组织的建构进行了有益的探索和实践。但是，从整体上看仍然存在着：基层学科组织设置范围过窄。不利于学科的综合和交叉；基层学科组织体制僵化、封闭，灵活性、开放性不足；教学、科研分离，缺乏有效的整合机制；行政权力和学术权力失衡，基层学科组织行政化；基层学科组织活力不足；资源分散，利用率较低等六个方面的不足。