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通过RT—PCR扩增乙型脑炎病毒主要抗原基因PrM-E，并将PrM—E基因克隆及测序后，与GenBank发表的SA14—14（M18370）基因序列进行比较分析，发现试验毒株与乙型脑炎病毒SA14—14毒株的同源性为98％。在乙型脑炎病毒基因组决定乙型脑炎病毒抗原性的PrM—E的2000bp序列中，试验毒株与SA14—14株有35个碱基不同，但却不影响它的功能。