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新制度经济学与生态经济学的融合成为生态制度经济学,形成较为系统的具有制度分析特色的理论体系.相互依赖性理论是生态制度经济学的逻辑起点和理论基石；交易成本理论可以解释生态制度设计的合理性及其绩效；多元化动机和有限认知能力理论为生态制度分析提供一个准确的心理密码；演化经济思想和集体行动理论解释环境制度变迁中利益主体间的博弈；社会资本扩展了环境政策设计的新模式.