南唐李后主经常待在清凉寺内虔诚礼佛，留有“未尝归去宿龙宫”的诗句。
　　“塔庙当年甲一方，千层金碧万缁郎。开山佛已成胡鬼，住院僧犹说李王。遗像有尘龛坏壁，断碑无首立斜阳。惟应驻马坡头月，曾见金舆夜纳凉。”徜徉在南京城西清凉山中，宋代诗人刘克庄的这首《清凉寺》油然浮现脑中。
　　清凉寺是南唐知名的寺院，也是都城内著名的标识之一。走进这座铭记一代繁华的皇家寺院，缅怀南唐“三千里地河山”“凤阁龙楼连霄汉”的辉煌岁月，夕阳西下，断碑在庭院中投下长长的阴影，清风拂过，刘克庄不能不由衷地生出一种时光无情、好梦不再的慨叹。
　　清凉寺所在的清凉山，在宋代以前称为石头山。相传诸葛亮曾用“钟阜龙蟠，石头虎踞”来概括南京山岭之雄峻，龙蟠虎踞从此作为形容南京山水形胜的专属词汇。钟山与石头山一起，成为南京的自然地理标识，也是城市的文化标志。
　　最早看中这块宝地、与石头山紧密联系起来的是楚威王。周显王三十六年，越国进攻楚国，反被楚国制服。为了加强对这一区域的控制，楚威王在石头山上营建金陵邑。金陵邑是史书明确记载的南京老城区政区建置之始，也是南京“金陵”雅称的由来，为后世南京城市的发展奠定了基础。
　　楚国的金陵邑在秦帝国铁蹄的践踏下，逐渐坯颓毁弃。金陵也在秦始皇埋金压胜下贬称秣陵。东汉建安十六年，孙权自京口移驻秣陵，十七年开始重整金陵邑城，改称石头城，用以贮藏粮草器械。
　　南朝繁华地，指日换旌旗。隋朝一纸“耕垦荡平”的诏令，将四百载帝都毁于一旦。见识过金戈铁马、听闻过动地鼙鼓的石头山，在唐宋以迄明清的帝国版图中，军事地位、作用渐而消解;秀丽旖旎的自然风光，引得文人士大夫流连忘返，在唐诗宋词的吟哦咏诵中，清凉山人文蔚起，逐渐形成独特的清凉山文化，在喧嚣的市井之外，为人们提供了缘自生理，发于内心的清凉世界。
　　在清凉山文化概念中，佛教文化是不可或缺的部分。现有文献表明，清凉寺的前身可追溯至杨吴顺义四年徐知诰修建的兴教寺。升元元年（937年）徐知诰复姓李，改名昪，在金陵称帝，随后将兴教寺扩建为石城清凉禅寺，成为南唐的皇家寺院，开启了清凉寺最为辉煌的历史。
　　南唐李后主经常待在清凉寺内虔诚礼佛，甚至寄宿寺中，留有“未尝归去宿龙宫”的诗句。当时寺内所藏后主的八分书与李霄远的草书、董羽的画龙一起，被誉为寺院三绝。
　　世易时移，南唐时期清凉寺的规模布局今天已经难以详考。然而天下山川形胜处，古今相承，往往随人废兴，清凉寺之所以为历代传颂，一个更为重要的原因就是高僧文益在清凉寺创立了中国禅宗五家之一——法眼宗，清凉寺因而成为法眼祖庭。
　　法眼宗博取眾家之长，“应时所需，宏开法眼;对病施药，相身裁衣;理事不二，贵在圆融;若论佛法，一切现成;不着他求，尽由心造”等为其旨要。文益禅师在清凉寺法嗣六十余人，或为王侯敬重，或开化一方，“佛佛手授授斯旨，祖祖相传传此心”，使法眼宗在宋初趋于极盛，并远传至朝鲜半岛。
　　明代建文四年，周王朱橚重建破败的清凉寺，赐额清凉禅寺。在明代中晚期兴起的士人雅游和胜景品鉴活动中，清凉寺作为登高揽胜的佳处，列名其中。在明清图绘南京胜迹的画作中，“清凉环翠”是题材之一，而“清凉问佛”更名列金陵四十八景之中，足见其形胜佳绝，引人入胜。
　　经过近年的考古发掘，明代、清代清凉寺的建筑布局基本清晰，发掘清理出的建筑基址将保护并展示。正在兴复的清凉寺，作为石头城遗址公园的一部分，将以生态文明为理念，充分考虑佛教传统与现代相结合、寺院与园林相融、信众与游人共分享等多种元素，将清凉寺厚重的历史文化挖掘、展现出来。