土家族医学是通过对土家族“口碑文献”和民间医药抄本搜集整理，总结出的源于民间的医药和乡土疗法，经历代药匠（土家族对医生的称呼）在实践中探索和经验总结，使之成为形式特殊、内容广搏、民族气息浓厚的土家族医学。
　　土家族医学的基础理论是土家族对人体生理结构和功能的基本认识，“三元学说” 为土家族医学基础理论的核心。其他理论还有十窍、肢节、筋脉、气血精三元物质理论等。
　　1. 三元学说
　　土家医将人体内脏概括为三部分，即上、中、下三元。上元为天，中元为地，下元属水，藉自然界的天、地、水来囊括人体的内脏和功能。
　　上元主要包括脑、心、肺，共居上天，统摄人体气血神志，为三元之首。
　　中元主要包括肚、肠、肝，共居腹内，为水谷出入之地，水精、谷精化生之处，像大地之长养万物，为三元供养之本。
　　下元包括腰子、尿脬、养儿肠或精脬，共居下元，有排泌余水之功，为人体孕精生成之处，生命发生之根。
　　三元是人体组织结构的最重要组成部分。人类活动的生命物质——气、血、精都是由三元中的内脏所产生；人体的各种生命现象均受三元的内脏所支配；人体的气血，经天、而地、至水循环往复并灌注于全身，以维持人体正常的生命活动。
　　2. 十窍
　　关于人体的孔窍，土家医概括为十窍，其中有九大窍，和一小窍，即眼二窍、耳二窍、鼻二窍、口一窍、肛门一窍、尿孔一窍，共计十窍，又称为十孔。其外还有皮膚上无数个小小的汗孔。
　　3. 肢节
　　肢节包括肢体、骨头和榫三部分。肢体分为手肢（上肢）、脚肢（下肢）和腰肢（躯干）三部分；骨头有长骨、短骨、大骨、小骨之分，土家民间有“七十二大骨，三十六小骨”之说；两骨联合处称为榫，又称为骨节，榫的主要作用是联结骨头和肢体运动。
　　4. 筋脉
　　筋脉包括筋和脉两个部分，有大、中、小之分和内外之别。筋脉遍布于人体各个部位，是沟通天、地、水三元和联系人体上下、内外、表里的独特系统。其主要功能是运载气血精，濡养躯体，以维持人体各个部分的正常功能。
　　5. 气血精三元物质理论
　　人体的生命活动，主要依据三元脏器的功能正常，而这些脏器功能的实现又以气血精为物质基础。气血精不断地循环转换，滋养着人体的各个组织器官，保证各个组织器官功能的实现，才能使人体得以维持正常的生命活动。