西学在清代中国的第三阶段，无可避免地进入全球工业资本主义的一环。就如彭慕兰(Kenneth Pomeranz)指出，东西方发展的“大分流”并非在十八世纪的世界中出现，而是十九世纪初工业西方的突然崛起的结果。十九世纪的下半叶，清廷的国家精英开始目睹激烈的社会动荡，以及生态环境改变所造成的巨大灾害。太平天国军队横扫江南之后，大清帝国几乎崩溃。在欧洲殖民主义者的眼中，清代中国显得像是停滞于历史之中的一只令人无法理解的怪物。相对于中国内在的纷乱，西欧各国已开始在全球贸易和庞大的工业生产力上快速发展。总而言之，在英国的快速资本积累之前(大约开始于一八四五年至一八四九年)，在东亚和伊斯兰世界内的社会生态环境的剧烈转变，乃是欧洲能够在十九世纪迅速宰制全球的关键因素。大英帝国以前所未有的速度在北半球持续扩张，各式各样的殖民新想法也应运而生。法国和德国很快便加入这种海外的扩张与竞争。这种欧洲民族国家的海外扩张造成了对非洲、伊斯兰世界、印度、东南亚及部分东亚的殖民控制。
　　作为一个商业发达的农业帝国，大清帝国仍保留着数十年前所产生的世界主义式的儒家思想架构，但在十九世纪中叶以降则必须面临一个工业化的、军事化的西方。清帝国过去政权的合法模式，至此已全然无法掌握工业西方各式各样的新资讯。从英国和北美进入中国的新教徒们取代耶稣会士而扮演新的文化中介角色。他们引进了各式各样的工业科学、国际法以及新教更具侵略性的传教策略。这些都还是以西学的名义传入中国，但新教徒这次却锁定贫苦的农民作为传教对象，并借由现代医学和印刷中文《圣经》的方式来彰显上帝的力量。不像第一阶段的西学来自于拉丁西方的精英文化，这一波兼具新教及工业双重性质的西学，来自英国和北美的大众科学及大学教科书。较高层次的科学技术和医学知识集中在洋务运动中的几个被严格管制的海陆军武器制造场所。
　　晚清“洋务运动”发起者是在对抗像倭仁这类拒绝接受工业科学与技术的极度保守主义者。恭亲王和倭仁分别代表了清廷内对西方工业科技的改革开放态度以及保守拒绝态度，而洋务运动可以说是清廷中恭亲王和倭仁所带领的两派势力斗争的结果。虽然恭亲王和清廷中一些持改革开放态度的精英们开始了他们的军事现代化运动，他们在与倭仁的斗争中却自始至终披着过去世界主义式儒家思想架构的外衣。但从欧洲殖民主义者的眼中，洋务运动的改革者和保守主义者，看起来只有程度上的差别，而没有本质上的区分。
　　洋务运动的意识形态主要源自对西学第二阶段选择性接受的成果。但这个成果在洋务运动改革者的手中，失去了严格的学术意涵，而变成了新版张冠李戴的西学中源说。譬如说，在一八九二年取得进士的王仁俊(一八六六——一九一三)在洋务运动中备受重用，成为西学中源说的主要旗手。在他的主要著作《格致古微》中，王仁俊把工业西方中的大众科学、技术、医学，甚至政治、法商中的各项制度都变成了战国时诸子的发现。俞樾(一八二一——一九○七)为王仁俊的《格致古微》所写的序中也声称:
　　盖中国所重者，本也。而西人所逐者，末也。逐末则遗本，而重本则末亦未始不在其中。苟取吾儒书而熟复之，则所谓光学，化学，重学，力学，故已无所不该矣。
　　这种大汉沙文主义式的东拼西凑完全失去了清廷国家精英在前一个阶段努力吸纳西学所达成的学术意义。就在这种晚清大汉沙文主义式的儒家架构下，清廷国家精英很勉强地撑住了第三阶段的西学。
　　洋务运动改革者对于过去世界主义式的儒家架构的借尸还魂乃是下一代批判性学者主要的攻击目标。其中最著名的是严复(一八五三——一九二一)与梁启超(一八七三——一九二九)。严复在他一八九四年翻译出来的《天演论》中所提出的“西学格致”，表达了他对于维多利亚英国生命社会科学的（易经式的）抽象理解。在其自序中，严复也清楚地将他自己的“西学格致”和王仁俊《格致古微》中的“西学”区隔开来。梁启超在《西学书目表》中罗列了一百二十六本书，拒绝将西学依附在所谓的中学之下，而且公开批判了洋务运动。严复与梁启超已经在思想上拒绝了“西学中源”的意识形态。
　　洋务运动在甲午海战(一八九五年)之后是彻底停止了。日本分别在朝鲜半岛和东海击败洋务运动的海陆军。清朝海陆军失败的真正原因，就如艾尔曼指出，乃是因为清朝的海军管理不善及军队缺乏训练与准备。但战争失败的结果激起了惊人的社会心理效应。艾尔曼写道:“中国海军的失败导致了清廷官方精英以及大众对于洋务运动观点的全面转变。”这种观点的转变，导致了日本近代化全面成功而中国近代化全面失败的片面错误印象，以及中日双方激烈的集体情绪性反应。在中国方面，借着对于洋务运动引进工业科学技术全面失败的印象，一八九八年的庚子勤王改革运动，事实上得到了成千对洋务运动失望的士大夫的支持。下一个世代的五四青年们接续这种印象，而全盘反对任何世界主义式的儒家思想架构内所进行的现代化运动或改革。过去三百年对于西学的吸纳与融合，似乎一瞬间化为乌有。
　　世界主义式的儒家思想架构是史学界对于清代西学的演变史中最重要、但在过去缺乏注意的环节。清代西学的演变史，与世界史近三百年的激烈变化息息相关。本文将清帝国与知识精英的结构性关系切割成清代西学的三个阶段，同时这三个阶段也清晰地对应着史学家们熟悉的三个清史阶段:明清转型，盛清以及晚清。在每一个阶段中，世界主义式的儒家思想架构被不断地重组并纳入清帝国主流意识形态之中。近来越来越多的学者开始研究西学在中国的历史，但很少人将西学放在较大的历史框架中考虑其连续性及非连续性。笔者在此希望提出一些初步的贡献。