经济主体和经济活动在不同地理空间的集聚产生众多城市，城市之间的分工和经济联系形成城市网络。产业在城市的集聚可能带来集聚经济或集聚不经济，且专业化集聚与多样化集聚影响城市生产效率的机制不同，因而MAR外部性与Jacobs外部性对城市生产效率可能有不同的影响并表现出区域异质性；城市可以“借用”网络内其他城市经济集聚的外部性，但其生产资源也可能被“集聚”到其他城市，因而城市网络外部性对城市生产效率的影响具有“借用规模效应”和“集聚阴影效应”两种反向机制；城市间交通条件的改善有利于“借用规模效应”和“集聚阴影效应”的发挥，而产业功能互补性的增强会强化“借用规模效应”和弱化“集聚阴影效应”。以2003—2019年中国285个城市为样本的分析发现：在全国层面，MAR外部性与城市生产效率呈现倒U型关系，而Jacobs外部性对城市生产效率具有负向影响；城市网络外部性与城市生产效率显著负相关（“集聚阴影效应”强于“借用规模效应”），交通条件的改善会强化而城市功能互补性的提高会弱化这种负面效应。在城市群城市与非城市群城市层面，Jacobs外部性对城市群城市生产效率的影响呈现倒U型趋势，但对非城市群城市生产效率具有负向影响；城市网络外部性对城市群城市和非城市群城市生产效率均具有正向影响，且交通条件的改善和功能互补性的提高均具有正向调节作用。在十大城市群层面，产业集聚外部性和城市网络外部性对城市生产效率的影响表现出多样化的异质性。因此，应进一步强化城市间的产业分工，提高城市功能互补性；城市群发展要注重改善内部交通件和产业分工，并完善一体化发展体制机制；非城市群城市应找准自身产业发展的优势和定位，与其他城市形成合理分工和功能互补，并改善交通通达条件。