目的:设计新型农村合作医疗支付方式改革方案,并在上海市浦东新区全面推行改革试点的基础上,评价其改革效果及可推广性。方法:采用文献归纳分析、专家咨询论证、机构调查以及案例研究等方法进行改革方案的设计,并应用结构-过程-结果评价方法对改革效果进行评价分析。结果:新型农村合作医疗支付方式改革后,上海市浦东新区医疗费用的过快增长得到了控制,新型农村合作医疗住院基金运行更加安全,参合农民利益得到了保障。结论:基层医疗机构的地位举足轻重,须有效激励其改革的积极性;建议采取保险精算的理念,加强新农合"按人头支付"的风险评估和动态分析;需要建立健全配套的基金监管,确保基金使用的各个环节安全、高效;依托信息化手段,建立社区卫生服务机构与二、三级医院的费用协商和实时监管制度,实行服务协议管理和动态管理。