【摘 要】
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高通量染色质构象捕获(HiC)技术可反映染色体各位点之间的接触情况,为研究染色体三维空间结构和基因共调控机制提供依据。但目前受到测序技术和实验成本的制约,生物实验通常只能获得大量中低分辨率HiC数据,造成染色质远距离接触信息的缺失,为此,本研究将最短路径原理应用于增强低分辨率的HiC数据。首先将染色体接触数据转换为距离矩阵,利用Floyd算法对其进行最短路径更新后,再将其逆变换为增强的HiC数据,从而实现对远距离接触信息的恢复。在距离转换过程中,以Spearman相关系数作为评估指标,利用自适应权值粒子群
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高通量染色质构象捕获(HiC)技术可反映染色体各位点之间的接触情况,为研究染色体三维空间结构和基因共调控机制提供依据。但目前受到测序技术和实验成本的制约,生物实验通常只能获得大量中低分辨率HiC数据,造成染色质远距离接触信息的缺失,为此,本研究将最短路径原理应用于增强低分辨率的HiC数据。首先将染色体接触数据转换为距离矩阵,利用Floyd算法对其进行最短路径更新后,再将其逆变换为增强的HiC数据,从而实现对远距离接触信息的恢复。在距离转换过程中,以Spearman相关系数作为评估指标,利用自适应权值粒子群
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