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螺旋藻是生长在碱性环境中的藻类，在培养过程中暴雨会改变培养液的pH值，降低培养液的渗透压，导致螺旋藻细胞大量吸水而破裂死亡；大量的细胞内容物释放到培养液中，引起细菌和杂藻大量繁殖，加剧了培养环境的恶化，甚至造成螺旋藻全部死光。暴雨也会引起虫害特别是轮虫暴发，对螺旋藻生产造成毁灭性打击。通过采取补充培养物、调整pH、增加渗透压、及时搅拌、捞除泡沫、防治虫害等措施可以减少暴雨的影响，使螺旋藻尽快恢复生长。