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利用24个随机引物对山羊草属12个二倍体物种的亲缘关系进行了RAPD分析，对扩增出的304条带进行聚类分析。结果发现：（1）Sitopsis组内各物种的亲缘关系与前人的研究基本一致；（2）Ae.mutica与Comopyrum组的各物种亲缘关系较近；（3）Ae .uniaristata与同组的另两个物种亲缘关系较远，应将其从该组中独立出来；（4）Ae. caudata与Ae.umbellulata为亲缘关系较近的两个物种。