利用16S rRNA高通量基因测序技术研究了双斑东方鲀(Fugu bimaculatus)循环水养殖系统养殖水体细菌种群结构特征,并比较养殖患病(溃疡症)的双斑东方鲀的水体细菌群落结构与健康的之间的差异,探讨细菌群落结构与双斑东方鲀细菌性病害发生的相关性。研究结果表明,双斑东方鲀循环水养殖水体细菌群落的优势细菌门为变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes),优势细菌纲为γ-变形菌纲(Gammaproteobacteria)、黄杆菌纲(Flavobacteriia)、α-变形菌纲(Alphaproteobacteria),优势细菌目为黄杆菌目(Flavobacteriales)、硫发菌目(Thiotrichales)、红细菌目(Rhodobacterales)、交替单胞菌目(Alteromonadales)、弧菌目(Vibrionales),优势细菌科为黄杆菌科(Flavobacteriaceae)、硫发菌科(Thiotrichaceae)、红细菌科(Rhodobacteraceae)、弧菌科(Vibrionaceae)、交替假单胞菌科(Pseudoalteromonadaceae)。患病的和健康的循环水养殖水体细菌群落种类组成相似度高,细菌群落多样性指数无较大差异,在同一分类水平上各细菌群落丰度占比差异显著;二者核心微生物(属)的差异明显,健康的循环水养殖水体核心细菌群落以Polaribacter属为主;患病的循环水养殖水体核心细菌群落以弧菌科的发光杆菌属(Photobacterium)和弧菌属(Vibrio)为主,而发光杆菌属和弧菌属的多数种类属于病原菌或条件致病菌。双斑东方鲀患病(溃疡症)与养殖水体细菌群落的弧菌属丰度占比高有关。该研究结果对双斑东方鲀循环水养殖细菌性病害的监测、预警、诊断及管理控制具有重要的意义。