五种典型力场对气相中不同末端氨基酸的表现

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【摘要】

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选择了Amb—er99SB、CHARMM27、ENCADS、GROMOS-53A6和oPLsAA／L五种力场，并以BHandHLYP／6—311＋＋G优化后的气象氨基酸构型与能量作为参考标准．研究了中性、质子化、去质子化和带帽

【作者】

：

陈欣林子敬

【机构】

：

中国科学技术大学合肥微尺度物质科学国家实验室物理系

【出处】

：

化学物理学报

【发表日期】

：

2016年2期

【关键词】

：

氨基酸构型相对能量分子力场氢键 Conformation Relative energies Correlation coefficient Hyd

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选择了Amb—er99SB、CHARMM27、ENCADS、GROMOS-53A6和oPLsAA／L五种力场，并以BHandHLYP／6—311＋＋G优化后的气象氨基酸构型与能量作为参考标准．研究了中性、质子化、去质子化和带帽氨基酸在不同力场下的表现．比较了构型相对能量、顺反式结构能量差、氢键数目与强度和优化所得构型质量等代表性结果．AMBER99SB、CHARMM275和OPLSAA／L比较GROMOS53A6和ENCADS力场更为适用于气相氨基酸．对一般性气象氨基酸和小肽分子，最推荐的力场是CHARM

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