对两个来自太平洋洋脊胡安.德富卡的两个热液烟囱的金属硫化物4136-2和4148-B1进行甲烷菌甲基辅酶M还原酶的编码基因mcrA的序列扩增,构建克隆文库并进行分子进化分析。结果表明在这个甲烷富集的热液喷口周围含有丰富的甲烷产生菌,没有任何甲烷氧化菌存在。两个硫化物样品的甲烷产生菌种类完全不同。在4136-2硫化物中的甲烷产生菌都与热液口的高温环境有关系,主要属于甲烷球菌目的甲烷暖球菌(Methanocaldococcus),少部分属于甲烷火菌目甲烷嗜高热菌属的坎氏甲烷嗜高热菌(Methanopyrus kandleri)。与这两个属的可分离菌株的氨基酸同源性为89%~97%,核苷酸同源性高达92%~100%。4148-B1硫化物中发现的一类疑似甲基辅酶M还原酶的编码序列,它们与已知的甲烷菌mcrA序列核苷酸同源性为69%~72%,氨基酸同源性仅为43%~47%。这可能是由于4148-B1来自于正在喷发的超高温热液喷口相关。由于与已发表的甲烷菌克隆子或菌株同源性较低,有可能是热液口特有的以前未发现的甲烷菌。