【摘 要】
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目的对长沙市2017年5月一起诺如病毒暴发疫情中的病毒基因型别进行鉴定,并对病毒全基因组序列特征进行分析。方法采集疫情中4份病例粪便标本和2份饮用井水标本,提取病毒核酸后实时荧光逆转录聚合酶链反应进行诺如病毒GI和GII型检测,逆转录聚合酶链反应扩增病毒开放阅读框（open reading frame, ORF）,测定ORF1与ORF2连接区域序列并进行基因型别鉴定,应用二代测序技术对阳性标本进行
【基金项目】
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长沙市自然科学基金资助项目（kq2014018,长沙市环境污水及临床腹泻病例诺如病毒监测和分子流行病学研究）； 长沙市卫生计生委科研计划课题(基于二代测序技术的长沙地区重症手足口病病例病原谱研究)；
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目的对长沙市2017年5月一起诺如病毒暴发疫情中的病毒基因型别进行鉴定,并对病毒全基因组序列特征进行分析。方法采集疫情中4份病例粪便标本和2份饮用井水标本,提取病毒核酸后实时荧光逆转录聚合酶链反应进行诺如病毒GI和GII型检测,逆转录聚合酶链反应扩增病毒开放阅读框（open reading frame, ORF）,测定ORF1与ORF2连接区域序列并进行基因型别鉴定,应用二代测序技术对阳性标本进行全基因组序列测定和分析。结果采集的6份标本中有2份病例标本和1份井水标本诺如病毒GI型阳性,基于核酸序列的进化树分析发现ORF1区域序列位于GI.P11型别分支,ORF2区域序列位于GI.6型别分支。3份阳性标本毒株序列之间的同源性为99.8%～100.0%。全基因组序列毒株编号为Hu/CSNV0501/2017,基因组编码区全长为7 602 bp。Simplot软件分析重组位点位于ORF1区域序列约5 341 bp。结论本次疫情的传染源为井水污染传播,引起此次胃肠炎疫情的病原体为诺如病毒GI.6[P11]重组型。应加强对长沙市诺如病毒少见重组亚型的监测,为重组毒株的遗传进化和疫情防控提供参考。
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