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真菌深层培养过程是一个相当复杂的生物化学过程，为了过程进行优化，需建立动力学模型对发酵过程进行模拟，而在发酵过程中存在着诸如菌类变异，设备与环境变化等不确定因素所形成的随机噪声，这类噪声是确定性模型无法预估的，为了提高数学模型的模拟精度，本文采用广义卡尔曼滤波技术进行递推滤波估计，计算结果表明，利用这种滤波处理可以改善状态变量的估计精度。