基于TCGA数据库的肾透明细胞癌miRNA预后模型的构建及蛋白互作网络分析

来源 :南京医科大学学报(自然科学版 | 被引量 : 0次 | 上传用户:zeone
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目的:通过微小RNA(microRNA,miRNA)预后模型筛选肾癌高危人群并进行早期干预治疗,以提高患者的生存率。方法:基于癌症基因图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库,通过风险生存曲线、受试者工作特征(receiver operating characteristic,ROC)曲线及生存状态图对模型进行评价并对风险评分进行独立预后分析,筛选肾透明细胞癌预后相关的miRNA,建立预后风险模型。结果:(1)从TCGA数据库初步筛选3 613个差异性表达的m RNA和49个差异表达的miRNA。(2)通过单、多因素Cox回归分析筛选出3个与预后相关的miRNA构建风险预后模型,并且Train组、Test组和所有样品的高低风险组存在明显生存差异;3组样本1、3、5年生存分析的ROC曲线下面积均接近或大于0.70,风险评分可以作为独立预后因子。(3)在GO富集分析中,主要富集在肾单位的发育、突触后密度及离子跨膜转运蛋白活性等;而在KEGG富集分析中,主要参与其他类型的O-聚糖生物合成、N-聚糖生物合成等通路。结论:基于TCGA数据库构建的3个miRNA风险预后模型可作为肾透明细胞癌的预后生物学标志物。
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