目的建立一种能同时检测EV71型、CA16型及其它肠道病毒的荧光PCR检测方法,主要用于手足口病病原的快速检测。方法针对肠道病毒的保守基因设计特异性引物和探针序列,优化荧光RT-PCR反应体系,构建标准的阳性质控模板,建立标准曲线,研究产品的检测限、重复性、特异性;同时对2015年6月份收集的26份阳性样品和10份阴性样品进行检测。结果试验得到了阳性重组质粒,线性范围在8×10~2 copies/μl~8×10~8 copies/μl范围内检测结果良好;优化后肠道病毒EVUN上下游引物和MGB探针浓度分别为0.50,0.50,0.30μmol/L,RT-PCR反应条件为:42℃30min,95℃3min;95℃5s,60℃35s,45个循环。检测限达到800copies/μl,变异系数CV≤5%,重复性好,特异性良好,与其他传染病毒无交叉反应;用该检测方法检测26份临床阳性样本和10份阴性样本,阳性检出率为100%(26/26),阴性检出率为100%(10/10)。结论试验所建立的荧光PCR检测方法,可用于临床对手足口病病原的快速检测。