在2040年的一天，污水大王企图发动一场足以淹没世界的污水大战。只要集齐一百种污水，就能发动这场威力无比的大战，人类将面临巨大的生存挑战。这时，一滴聚集了世上所有灵气的纯净水滴——米小小出现了，她的使命是打败污水大王，拯救人类和地球。
　　米小小从山上的灵石缝中出发，一路上时而蹦蹦跳跳，时而悄悄旋转，她这是在苦练本领呢！米小小流过山涧，经过小溪，来到江河里。一路上，她听到看到许多同伴们悲惨的命运。有的已经被污水消灭了，又脏又毒的污水流到哪里，哪里的清水就被毒害，变成了污水王国的一员。
　　眼见污水王国的成员越来越多，米小小很揪心：该如何对付污水大王呢？这天，她遇到了一位刚逃出虎口的清水伙伴，他告诉米小小：“因为人类随意破坏水资源，污水的势力渐渐强大。你知道吗？人类的工厂在不停地制造污水，还把它们直接排进江河里；有的人随意把垃圾倒进湖海；破了的水管无人修理……”听着同伴的哭诉，米小小心疼极了，心想：就是因为人类的种种恶习，才让污水大王有了可乘之机。
　　米小小还得知污水大王已经收集了九十九种污水，只差一种，便能对人类发起总攻。她必须立刻采取行动，阻止污水大王的阴谋得逞。米小小先请求大树爷爷带领花草树木加入治污大军。接着，她把清水召集起来，让太阳爷爷帮忙，蒸发到空中，变成一场大雨落下来，所有纯净的雨滴聚集到江河里，把污水冲向岸边，花草树木立即启动净化功能，伸出长长的根须，把污水吸收、转化。看！污水流到土里、石头旁、树木脚下，都净化了。污水大王来不及实施阴谋，就被清水们打败，只好夹着尾巴灰溜溜逃走了。
　　人类知道这件事后，惭愧不已。他们努力用行动改正错误，保护水资源。污水渐渐地灭绝了，米小小和同伴们在江河湖海里快乐地生活着。