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无论是使用普通干扰素还是长效干扰素，在使用过程中都会出现一定的不良反应。但是临床上对这些不良反应都是有办法处理的，有的不良反应甚至不需要处理，随着治疗的延续会减轻或消失，或者停药后可恢复正常。
不良反应种类及处理原则
普通干扰素与长效干扰素不良反应种类相似，主要区别是普通干扰素感冒样症状持续时间较长，白细胞和血小板变化不明显；长效干扰素感冒样症状持续时间短，存在白细胞和血小板降低的现象。下面以长效干扰素派罗欣为例，详细介绍干扰素常见的不良反应。
第一，感冒样症状(发生率：70％～80％)发烧症状 通常在注射第1针后的24小时内出现发烧症状，体温可达38℃～39℃；1周后打第2针时已有所减轻；再过1周打第3针时发烧症状已经减轻或者消失了。如果存在发热症状，可对症治疗，服用解热镇痛药即可。
全身肌肉酸痛 打第1针后的24小时内出现全身肌肉酸痛症状，直到第3针后症状减轻。可服用止痛片来缓解不适。
临床上将“发热症状”和“全身肌肉酸痛”共同称为感冒样症状。产生感冒样症状的原因，医学研究人员认为系干扰素调动了人体的免疫系统参与对乙肝病毒的“战斗”，身体反应激烈所致。
第二，白细胞、血小板减少 (发生率：70％～80％)
白细胞和血小板减少，通常在第3针后所做的血常规检查中可发现。患者大多数无自觉症状，少数人会出现牙龈出血、头晕、乏力等症状。针对白细胞和血小板减少，医生会给予升白细胞药物和升血小板药物。严重者，可用促白细胞生长的药物。
导致白细胞和血小板减少的原因还不明，专家分析可能与使用干扰素后血液成分在主要脏器和外周血中分布不一有关。有一个现象也许可以证明这一假设。因为其他原因的白细胞和血小板减少症者，其发生细菌感染的概率比常人要大，而使用干扰素导致的血小板和白细胞减少者，治疗期间很少发生细菌性感染，说明这些患者体内白细胞总数可能没有减少。
第三，稀疏性脱发 (发生率：20％～30％)
使用长效干扰素1个月到半年期间，患者会有稀疏性脱发现象。随着治疗时间的延长，脱发现象可慢慢减少，并且有新生头发逐渐长出。这是一种原因不明的脱发现象，且不需治疗，停药后头发就可重新长出。顾及个人形象者，可以戴假发来度过这段治疗期。
治疗过程中的一些疑惑
1、部分患者治疗过程中ALT升高
在治疗过程的早期，丙氨酸转氨酶(ALT)在原有基础上不降反升，可视为干扰素提高人体免疫力，个体免疫功能增强的表现，这种情况下，乙肝病毒被清除得更好。这时不用做什么处理。不过，极个别人如果同时出现黄疸，则需停1～2针进一步观察。
2、部分患者治疗结束后反而ALT升高
这种现象的出现可以视为长效干扰素在体内作用力的延续，它继续激发人体免疫系统。通常不用做处理ALT会恢复。
但如果存在以下情况，则应区别对待。患者本身有脂肪肝或者合并感染了其他类型的病毒性肝炎，也会导致ALT升高。对症处理后，ALT也可恢复正常。
不良反应多为何还要用干扰素
乙肝抗病毒治疗分三个阶段目标：第一阶段是达到HBV DNA转阴、肝功能恢复正常；第二个阶段是使代表病毒复制活跃程度的e抗原出现血清转换(相当于e抗原转阴，e抗体出现)，当出现e抗原血清转换后，意味着可以考虑停药了；第三个阶段是表面抗原(HBsAg)转阴。
在抗病毒药物中，长效干扰素e抗原血清转换率最高(40％左右)，停药后复发率低，且有5％左右的表面抗原转阴的概率，这是目前抗病毒药物中比例最高的。如果医生选择了适应证准确的患者使用长效干扰素，那么更容易达到第二、甚至第三阶段目标。
由于长效干扰素在治疗效果上有突出表现，相对于其治疗过程中发生的可逆转的不良反应，其治疗收益显然更大，患者应该坚持下去。
不良反应种类及处理原则
普通干扰素与长效干扰素不良反应种类相似，主要区别是普通干扰素感冒样症状持续时间较长，白细胞和血小板变化不明显；长效干扰素感冒样症状持续时间短，存在白细胞和血小板降低的现象。下面以长效干扰素派罗欣为例，详细介绍干扰素常见的不良反应。
第一，感冒样症状(发生率：70％～80％)发烧症状 通常在注射第1针后的24小时内出现发烧症状，体温可达38℃～39℃；1周后打第2针时已有所减轻；再过1周打第3针时发烧症状已经减轻或者消失了。如果存在发热症状，可对症治疗，服用解热镇痛药即可。
全身肌肉酸痛 打第1针后的24小时内出现全身肌肉酸痛症状，直到第3针后症状减轻。可服用止痛片来缓解不适。
临床上将“发热症状”和“全身肌肉酸痛”共同称为感冒样症状。产生感冒样症状的原因，医学研究人员认为系干扰素调动了人体的免疫系统参与对乙肝病毒的“战斗”，身体反应激烈所致。
第二，白细胞、血小板减少 (发生率：70％～80％)
白细胞和血小板减少，通常在第3针后所做的血常规检查中可发现。患者大多数无自觉症状，少数人会出现牙龈出血、头晕、乏力等症状。针对白细胞和血小板减少，医生会给予升白细胞药物和升血小板药物。严重者，可用促白细胞生长的药物。
导致白细胞和血小板减少的原因还不明，专家分析可能与使用干扰素后血液成分在主要脏器和外周血中分布不一有关。有一个现象也许可以证明这一假设。因为其他原因的白细胞和血小板减少症者，其发生细菌感染的概率比常人要大，而使用干扰素导致的血小板和白细胞减少者，治疗期间很少发生细菌性感染，说明这些患者体内白细胞总数可能没有减少。
第三，稀疏性脱发 (发生率：20％～30％)
使用长效干扰素1个月到半年期间，患者会有稀疏性脱发现象。随着治疗时间的延长，脱发现象可慢慢减少，并且有新生头发逐渐长出。这是一种原因不明的脱发现象，且不需治疗，停药后头发就可重新长出。顾及个人形象者，可以戴假发来度过这段治疗期。
治疗过程中的一些疑惑
1、部分患者治疗过程中ALT升高
在治疗过程的早期，丙氨酸转氨酶(ALT)在原有基础上不降反升，可视为干扰素提高人体免疫力，个体免疫功能增强的表现，这种情况下，乙肝病毒被清除得更好。这时不用做什么处理。不过，极个别人如果同时出现黄疸，则需停1～2针进一步观察。
2、部分患者治疗结束后反而ALT升高
这种现象的出现可以视为长效干扰素在体内作用力的延续，它继续激发人体免疫系统。通常不用做处理ALT会恢复。
但如果存在以下情况，则应区别对待。患者本身有脂肪肝或者合并感染了其他类型的病毒性肝炎，也会导致ALT升高。对症处理后，ALT也可恢复正常。
不良反应多为何还要用干扰素
乙肝抗病毒治疗分三个阶段目标：第一阶段是达到HBV DNA转阴、肝功能恢复正常；第二个阶段是使代表病毒复制活跃程度的e抗原出现血清转换(相当于e抗原转阴，e抗体出现)，当出现e抗原血清转换后，意味着可以考虑停药了；第三个阶段是表面抗原(HBsAg)转阴。
在抗病毒药物中，长效干扰素e抗原血清转换率最高(40％左右)，停药后复发率低，且有5％左右的表面抗原转阴的概率，这是目前抗病毒药物中比例最高的。如果医生选择了适应证准确的患者使用长效干扰素，那么更容易达到第二、甚至第三阶段目标。
由于长效干扰素在治疗效果上有突出表现，相对于其治疗过程中发生的可逆转的不良反应，其治疗收益显然更大，患者应该坚持下去。