【摘 要】
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在物种鉴定领域中,权威方法是基于BLAST的序列比对算法,然而该算法出现计算量过于庞大,运算效率低以及资源消耗较高等问题.为解决以上问题,本文借鉴经典文献中的K-String组份
【机 构】
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中国科学院计算机网络信息中心,中国科学院大学,中国科学院微生物研究所
【基金项目】
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国家高技术研究发展计划（863计划）（2014AA021501）
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在物种鉴定领域中,权威方法是基于BLAST的序列比对算法,然而该算法出现计算量过于庞大,运算效率低以及资源消耗较高等问题.为解决以上问题,本文借鉴经典文献中的K-String组份向量方法,对向量空间模型作出改进,将其应用于基于16S rRNA序列的物种鉴定领域,并在巴拿赫空间的理论体系下,对改进向量空间模型算法中的遗传距离公式进行等价替换,给出不同范数背景下对应的遗传距离公式,供科研人员参考.本文从计算效率和物种鉴定效果两个方面来判断改进算法的性能,最终得到如下结论：欧几里得空间下的内积范数从计算效率上较
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