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基于全国30个省市自治区2005-2014年产业集聚与制造业自主创新的面板数据,分别采用GMM方法与面板门槛进行回归分析并实证检验。GMM的检验结果表明制造业自主创新的一阶滞后期对当期的制造业自主创新有着积极的正向促进作用,存在较大的"惯性",产业集聚对制造业自主创新起着负向效应。而以产业集聚作为门槛变量进行门槛回归的结果则表明地区差异较为显著,东部和中部的产业集聚具有三重门槛,而西部则具有二重门槛。