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胃肠间质瘤(GIST)的手术原则是尽量完整切除病灶(R0)。绝大部分胃间质瘤可以采取局部或楔形切除术。位于贲门周围的间质瘤,如果局部切除可能造成贲门狭窄,可以采取近端胃切除术。胃小弯的间质瘤可以酌情采取远端胃切除术,胃间质瘤病例极少需要采取全胃切除术。发生于胃大弯侧的间质瘤可以酌情采取联合脾、胰尾或横结肠切除。十二指肠间质瘤尽量采取局部切除,小肠间质瘤操作时避免肿瘤破裂,必要时可以采取联合脏器手术。直肠间质瘤原则上应该避免腹会阴联合切除术。转移复发GIST在靶向治疗有效的基础上手术干预可能使病人获益。