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近十几年来，随着大规模DNA测序技术的飞速发展，今天拥有了包括我们人类自己在内的近千种不同细胞生物的全基因组参考序列，而如何比较分析这么多的基因组数据是生物学家面临的一大挑战。结合我们研究组的一些工作，重点介绍进化生物学家是如何利用这些丰富的基因组数据——特别是原核生物的基因组序列——通过挑选不同的分子标记，计算分析并重建这些系统发育关系，以期帮助人们更好地理解地球生命的起源与进化，生命系统对地球环境变化的作用，以及微生物与人类健康的关系等一系列科学问题。